在理清地勘體制改革總體思路的基礎上，首先抓的應當是對現有地勘單位的改革和改組，因為它不僅關系到地勘體制改革的深化，也關系到幾十萬地勘隊伍的生存和發展。從改革的內容看，現有的地勘單位的改革已經超出了地勘體制的改革。地勘單位面臨的問題，主要表現在兩個方面：
壹是體制機制上的問題。即在計劃經濟體制下形成的地勘單位，是事業管理體制；而在市場經濟體制下的地勘單位，除從事公益性、基礎性地質工作外，其余地質工作都是企業行為。因此，大多數地勘單位要轉化為企業，實際上是企業的改革。
二是結構上的問題。在計劃經濟體制下，用行政方法配置出來的龐大的地質勘查生產能力，在市場經濟條件下，用市場機制來配置已經不需那麽多了。即大多數地勘單位（估計80%以上）要轉到非地勘產業，這是重大的結構調整。
這兩個問題是相互關聯的，第二個問題只有通過第壹個問題的解決才能解決，因為生產經營結構調整本身就是壹種企業行為，只有通過企業機制，才能給予有效的推動。所以大多數地勘單位的改革（保留的公益性地調隊伍除外），從根本上說是實行事轉企，即按國企改革的要求和部署推進改革。
壹、要從國家調整國有經濟布局中把握自己的位置
從地勘單位當前所從事的經營範圍看，均不屬於國有經濟需要控制的行業和領域，而屬於“其他行業和領域”，即都在競爭領域之中，要通過資產重組和結構調整，集中力量，加強重點，提高素質，在市場競爭中求生存、求發展。為此，應當以地勘局為單元，搞好產業結構調整，重點加強自己的主導產業和支柱產業，如地質勘查、礦業開發、工程勘察、基礎施工等。培育骨幹企業，發展規模經濟；有的則形成企業群，在市場競爭中，有分有合，突出科技開發，占領行業至高點。
二、實行規範的公司制改革
要對主要產業和支柱產業中的企業，實行規範的公司制改革，建立有限責任公司或股份有限公司。實現產權多元化。首先是創造條件，吸收職工入股，把企業利益同廣大職工財產利益結合起來，從根本上改革企業經營機制；其次新投入的增量資本，不再辦獨資企業，而是作為股權投入，可以在地勘單位之間相互參股，也可以同其他企業、其他所有制搞合資。通過公司制改革，重點構建好法人治理結構，明確股東會、董事會、監事會和經理層的職責，形成各負其責、協調運轉、有效制衡的公司法人治理結構。所有者對企業擁有最終控制權。董事會要維護出資人權益，對股東會負責，對公司的發展目標和重大經營活動作出決策、聘任經營者。監事會對企業財務和董事、經營者行為發揮監督作用。經營者對企業日常生產經營活動負全部責任。
三、要從實際出發，放開搞活小型企業網點
對大多數地勘局來說，放小應堅持以地勘單位（地質大隊壹級）為主體，統籌考慮，加強領導，大膽推進；應堅持與產業結構調整、資本結構調整相結合，有利於以局為單元的主導產業、支柱產業的形成；應堅持與實施再就業工程相結合，采取各種措施、有利於人員分流；應堅持國有資產不流失，確保所有者權益。放小要采取多種形式，如股份合作制、合夥經營、產權出售、引資嫁接、企業兼並、租賃經營、承包經營、委托經營等。通過放小，國有資本要退出或者轉為債權，實現產權制度的改革。
四、要努力減輕新辦企業社會負擔
在實施公司制改革和放活小型企業網點的同時，對原地質大隊的基地進行改造，使其逐步形成物業管理中心，它的主要職責是：①負責基地房地產及公***的設施的維護管理；②負責原地勘單位承擔的社會職能，如子弟學校、職工醫院、托兒所、食堂等管理；③負責離退休人員及下崗人員的管理；④接受委托管理小型企業網點等。在經濟上對物業管理中心實行獨立核算，自收自支，經費包幹，最終過渡到企業，交到地方，並入當地社會管理。物業管理的所有服務都是有償的，收費標準要公平合理，經過批準。
五、要探索國家對地勘局、地勘局對所屬企業股權管理的有效形式
按照國家所有、分級管理、授權經營，分工監督的原則，在地勘局（也可以改總公司或集團公司）這壹級，爭取省政府授權經營，對國有資產承擔保值增值的責任。地勘局對所控股、參股的企業，則代表出資人，行使所有者的權益，確保出資人到位。此外，地勘局在地勘單位由事業向企業轉化的過渡期，還負有管理地勘費分配、管理除股權之外的國有資產、管理離退人員和下崗職工的職責。
除上述大多數地勘單位之外，對“中央和省壹級保留壹部分承擔基礎性、公益性、戰略性地質勘查任務”的地勘單位，也要進行改革。其體制設計大致可以分為三類：
（1）地質調查管理機關，包括國家地調局及派出機構。它是純事業單位，負責國家確定的地質調查任務的下達式發包、監督執行及成果階收。
（2）國家地調局直屬的專業地質調查（或科研）機構。它是生產性事業單位，實行預算管理。按照下達的任務編制經費預算。按照確定的任務和預算開展工作，並進行考評。這些單位在確保完成任務的前提下，也可以開展對外有償服務，以充分利用已有的生產要素，減輕國家財政負擔，增加單位的效益。
（3）與國家地調局有項目聯系的地質調查機構。它們可以是企業，也可以是科研單位或大專院校。聯系的方式也是多種形式，有的發包招標，有的委托承包，有的長期合作。對項目聯系單位，地調局可以提出資質要求，公平競爭。公益性地質調查，實行項目聯系，有利於充分利用生產要素，提高專業化水平，符合我國地質勘查生產能力供大於求的實際。
地調局對直屬事業單位和項目聯系單位，在管理上必須有所不同。前者，在經費上應當管的嚴壹些，防止挪用和流失；後者，在質量上應當嚴格把住關，在價款使用上不能幹預，只要按合同保質保量完成任務，即應當承付價款。