首先，就科學與哲學的劃界而言。自張君勱在《科玄論戰》中強調科學與形而上學(哲學)的劃界問題以來，這壹問題壹直是現代新儒家文化哲學家關註的焦點問題之壹。從現代新儒家的發展來看，現代新儒家中心的開放人物熊十力認為，要發展科學和哲學，就要對二者進行劃界，區分各自的對象，確定各自不同的方法。從某種意義上說，熊十力對科學與哲學的劃界是對“形而上學之辯”的總結。此後，馮友蘭進壹步提出了壹套真理與實在的理論來解釋哲學與科學的關系。賀麟提出了關於文化的哲學思考是研究價值問題的觀點，從而在對自然的科學研究和對人生的哲學研究的基礎上確立了文化哲學應該采取的文化歷史方法，使現代新儒家關於文化哲學的思考達到了壹個新的高度。
其次，關於對科學主義和科學萬能論的批判，如果說第壹代現代新儒家把主要精力放在了澄清科學與哲學的分野上，那麽第二代現代新儒家則繼承了張君勱在《科玄論戰》中批判科學萬能論的話題，從而迎合了20世紀五六十年代以來西方發達國家批判科學主義的潮流。牟宗三強烈反對“科學壹層論”和“泛科學主義”。在他看來，在科學的“事實世界”之外，必然有壹個“價值世界”和壹個“意義世界”，而事實世界不是科學的對象。這是道德宗教的根源，是高於或超越事實世界的真善美的根源。和牟宗三壹樣，許也強調科學世界和價值世界的區別。在他看來，價值世界比科學世界更重要。這是因為，“科學世界往往在價值世界中追根溯源，反過來成為滿足價值世界的手段。“所以，從根本上說，人的生命本身不在科學世界，而在價值世界。價值世界是人類賴以生存的家園。最後，就張君勱的思想傾向而言，可以說，科玄論戰是現代新儒家發展過程中的壹件大事。從某種意義上說，張君勱的講話和他後來的論戰文章塑造了現代新儒家的思維方向。在中國傳統文化的大體系中，道家思想的地位和作用是不可忽視的。如果像有些學者認為的那樣，文化思想分為剛柔、明和隱，那麽，相比之下，儒家的剛健、有為、進取、入世的精神更為突出，而道家強調的則是臣服、無為、隱退、隱蔽的精神。人們常說秦漢以後沒有“純儒”，也可以說秦漢以後沒有“純道”。儒道兩家互相排斥，互相吸收；兩者相互對立，又相互交融。它們正是中國傳統文化在兩千多年的發展過程中不可或缺、相輔相成的兩個方面。從這個意義上說，儒道是壹家。對於中國傳統文化來說，它們就像汽車的兩個輪子，鳥的兩個翅膀，缺壹不可。即使在儒家思想壹統天下的時期，道家思想也沒有消亡。它以各種形式滲透到儒釋道之中，滲透到現實生活的方方面面，無形中影響著中國人的生活態度，體現了道家思想的隱性特征。儒家和道家，壹個是剛健有為，壹個是逆來順受；壹個是入世後的進取，壹個是隱退，這才是他們實現溝通互補的真正前提。所以，中國古代文人很多可以入世後成儒，出世後成道，或者融儒道於壹爐，逍遙自在，自由前進。
從歷史淵源上看，春秋戰國時期，隨著奴隸制的逐漸瓦解，中國進入了壹個大動蕩、大變革的時代。壹些奴隸主和貴族逐漸失去了原來在經濟和政治上的特權地位，淪為窮人或奴隸。他們有的把草當茅屋，壹起犁地，隱居起來。在《論語》中，他們被稱為“隱士”或“隱士”。這些人對弱肉強食、混亂不堪的現實社會強烈不滿。和孔子、孟子、老子、莊子壹樣，痛斥“天下無道”！同時，儒家和道家走了兩條不同的道路。
儒家面對現實社會，試圖探索壹條改造客觀世界的道路，哪怕是個人修身養性，最終也是為了治國平天下。孔子認為他和那些隱士的區別在於他是“不可或缺的”(《論語》)。用孟子的話來說，就是:“孔子能為官，止之，久止，速止。”孔子壹直主張:“天下有道則見，無道則隱。”(《論語·泰伯》)但事實上，無論世上有沒有路，他似乎都無意隱退。為了改變這個“無路可走”的世界，他雖然處處碰壁，卻百折不撓，骨子裏依然有著同樣的力量:“知道自己不能做什麽。”在這方面，孟子並不遜色於孔子。在他看來，無論成功還是不成功，無論什麽時候遇到麻煩，什麽時候開悟，都不應該逃避這個世界；他主張用自己的方法“統治世界”，實現自己的“王道”理想；並揚言“要想統治世界，當今世界還有誰？”(《孟子·公孫醜》)他無意隱退。
面對殘酷的現實，道教深入人心，從自然中尋求壹條自我救贖的人生道路。根據《史記》、《老子列傳》和《莊子》對朝鮮的適用記載，老子本人是壹位“隱逸君子”。相傳他在周朝做圖書管理員，孔子向他要“禮物”。後來他退休了，寫了壹本書《老子》。莊子曾在宋代擔任漆園的管理員。辭職後，他說自己“壹輩子不做官，好快我的誌向”。他寧願隱居在簡陋的胡同裏，借米充饑，自己寫草鞋，過著清貧的生活，也不願受楚威王之邀去楚湘的位置。從老子的無為自然、自私無欲、溫柔守女的思想，到莊子的無為無我、無名無欲、逍遙自在的精神境界，無不顯示出道家與儒家的不同。道教正以前所未有的方式頑強地守護著人類精神的尊嚴，孜孜不倦地開墾人類精神的荒漠，拯救生命於壹切無法消除的痛苦和災難之中，超越生命和世俗情欲的困境，使人獲得壹種寧靜、自由、聖潔的心境。老子和莊子都是隱士，但又不同於壹般的隱士。他們的隱退不僅僅是為了逃避無法改變的惡的現實，也不僅僅是為了避免作惡和幫助他人，更重要的是尋求壹種超越現實的精神自由。也許正因為如此，在《韓非子》的傑出學者名單中，道教已經從孫山中掉出來了。可以說，春秋戰國時期湧現出的大量隱士的現實生活，以及以老莊為代表的知識分子的個人經歷，是道家思想產生的社會基礎。而孔孟則遠離隱士的生活體驗，所以他們的思想歷程必然與老莊不同。
荀子是戰國末期的思想家，他總結了先秦諸子的思想。他在《揭秘》中談到莊子時指出:“莊子蓋天，不知人也。”這意味著莊子只註意到了代表自然的“天”，所以他忽略了“人”，也就是他用自然掩蓋了人。荀子進壹步指出，像莊子那樣理解“道”，只能是壹種順應自然。其實荀子只看到了問題的壹面。在問題的另壹面，莊子沿著老子“道法自然”的思想對人的精神自由進行了有益的探索，極大地推進了人對自身的認識。這怎麽能說是“躲在天上不認識人”呢？