在近代中國人民爭取民族獨立、民主、自由、富強的過程中，批判儒學與尊儒之爭始終伴隨著新舊鬥爭、保守與進步鬥爭的跌宕起伏而展開，包含著深刻的社會政治內容，具有鮮明的現實意義。壹切現實的社會變革，往往都是以批判體現封建正統的儒學為導向的(見:宋慶齡對儒學的批判——重讀《儒學與現代中國》，發表於《宋慶齡與二十世紀研討會論文集》，2000年)。當今中國科學文化的發展，必須面對的壹個問題是:是尊孔還是批孔？孔子是中國封建社會的思想家、政治家和教育家，是中國傳統文化的重要奠基人之壹。他所創立的儒學在漢代成為官方哲學後，孔子的學說不僅深刻影響了中國歷史、政治、經濟、文化的發展走向，也深刻影響了中國的民族精神。所以評判孔子的功過，壹直是中國的文化問題(見:歷史實踐是評判孔子學說的唯壹標準，百度網)。五四運動首次提出“打倒孔家店”的口號，是中國文化的標誌性事件，是中國文化覺醒的信號。把五四之前發起的新文化運動比作中國歷史上繼春秋戰國之後的又壹次百花齊放、百家爭鳴、學術空前繁榮的文藝復興運動，是最恰當不過的了。“孔家店”成了枷鎖，成了精神枷鎖，中國不被推翻就無法進入現代化。很難想象壹個思想文化封閉的國家，在學術上可能處於先進行列。
我們批判孔子，並不是全盤否定孔子的學說，否定孔子這個人。有些好的東西還是要保留和繼承的。但是，儒家的核心是全盤否定。歷代統治者推崇孔子，難道我們不應該反思嗎？孔子給了我們什麽？中國幾千年落後的根源在於孔子的學說。儒家反對創新和科學，把學者禁錮在四書五經中，主張學而優則仕，主張壹切低人壹等。唯有讀書高，讀書人刻苦讀書，寒窗十年，為的是有朝壹日能夠重回狀元之位，衣錦還鄉，緬懷先人，全是為了個人私利，又有幾個人是為了改變國家和民族。當然也有人為自己的生命求情，但那是皇權範圍內的事。因此，中國文人的性格體現在清官與貪官的鬥爭中。很多文學藝術和影視作品不厭其煩地宣傳這場鬥爭，其實都是在用不同的方式捍衛皇權。馬克思在《機器、自然力和科學的應用》中指出:“火藥、指南針和印刷術——這是預示著資產階級社會到來的三大發明。”然而，這三項來自中國的偉大發明並沒有率先將中國從封建專制社會推向資產階級社會。「半部論語治天下」的中國是怎樣的？歷史已經無情地證明了(引自:中國社會科學院學報2003/12/02，作者單位:中國社會科學院學報)。而我們的文藝界、學術界有很多模糊的認識，搞不清什麽該表揚，什麽該鞭撻。我們科學界也有很多模糊的認識。
有壹種說法認為，無論是哪種外來文化，進入中國後，都會被中國文化完全或部分地改造和吸收，成為中國文化的壹部分，這被歸結為中華文明從未被打破、不斷被傳遞的主要原因。還以古埃及文化的斷裂為反面教材。這種說法看似合理，卻忘記了時間和空間的概念。是的，這種現象在孟元和滿族入主中原時確實存在，外國統治者都對漢族文化印象深刻。那是因為元、蒙、滿族的文化都是奴隸社會的遊牧文化，當然沒有漢族文化博大精深。還有為什麽光緒皇帝要在清末變法？是因為鴉片戰爭讓中國人民深受其害，是因為發現了中國文化的弊病。中國學生去日本，最讓他們驚喜的是，發現過去的“倭寇”文化科技發達，於是開始有了強烈的創新意識。他們不是向日本學習，而是向西方學習。五四運動為什麽提倡科學民主？因為這些都是中國傳統文化中沒有的。為什麽西方文化沒有被中國文化完全或部分地改造和吸收，成為中國文化的壹部分？傳統文化在西方文化面前敗下陣來的原因不言而喻，因為西方文化是現代資本主義，傳統文化是封建主義。
我們如何看待西方文化？縱觀世界文明史，有兩條線:壹條在西方，壹條在東方；從人類發展史來看，西方文明是主線，東方文明是支線。鴉片戰爭兩大文明碰撞，大刀長矛趕不上洋槍，開始反思中國傳統文化。有些人害怕西方文化，簡單地把它等同於資本主義文化。任何文化都有其優點和缺點，但西方文化的精髓是民主和科學。有了民主和科學，社會才能發展，才能加速發展。而中國的傳統文化是在儒家思想和專制集權制度下孕育出來的，延緩了社會的發展。歐洲封建社會始於8世紀，英國1640資產階級革命只持續了800多年，而我們的封建社會持續了2000多年。其實，民主、法治、自由、人權、平等、博愛並不是資本主義獨有的，而是整個世界在漫長的歷史進程中形成的文明成果，也是人類所追求的價值觀。所以，西方文明不是壹個區域性的文明，而是全人類共同享有的文明。為什麽要執著於殘余，拒絕和恐懼這樣的文明(引自溫家寶總理2007年3月16日答《世界報》記者問)？
由於自然環境、經濟、政治、文化等社會歷史背景的差異，中西方科技傳統存在本質差異。由於這種差異的深刻影響，近代科學並沒有在中國產生，同時，當前的科學在面對大量復雜的現象時有很大的困惑。對中國科學傳統的某種回歸，東西方文化的結合，成為國內外許多學者的認識。重新審視中國科學傳統，對中西科學傳統進行比較研究，以促進世界科學和中國科學在新世紀的突破和發展，是中國學術界的壹項重要任務。