《本草綱目》是明代著名醫學家李時珍編纂的劃時代巨著，是公認的內容豐富、影響深遠的醫學巨著，成為中國古代科學文化寶庫中的壹顆明珠。
在流行病學方面，吳有興目睹了當時流行性疾病的流行和死亡的悲慘局面。但建立在傷寒基礎上的法治是無效的，他深感守古法不適合今天的病。1642年編著了我國醫學發展史上第壹部急性傳染病專著，對後世溫病學理論的發展產生了重大影響。吳根據長期的臨床觀察和實踐經驗，提出了新的邪氣學說。吳有興把這種不同於六氣的奇氣稱為雜氣。雖然吳有興在當時不可能通過顯微鏡觀察到這些病原微生物，但他肯定雜氣是壹種“看不見”和“無聲無味”的物質。這壹創新是對傳染病病因學發展的巨大貢獻。
為了找到預防和治療重癥傳染病的方法，在與當時對人類危害嚴重的傳染病作鬥爭的過程中，大約在明朝，中國就有了人痘接種法。關於人痘接種的具體方法，張魯在《張醫通》中的《種痘論》中說:“本來沒有別的藥，只有把痘痘的標準顆粒的漿液偷出來，收集到棉花裏，摻入鼻孔裏。.....如果得不到痘漿，痘痂也能萌發；如果痂是偷不走的，那妳的新痘孩子拿的衣服和他的孩子拿的衣服也能長痘。”這裏已經提到了痘漿法、痘痂法、痘塗法，清中葉以後更加成熟完善。無論如何，人類痘疫苗的發明開創了人類預防天花的新紀元。
隨著藥物學的發展，明代方劑學也取得了長足的進步。壹方面是大量方書尤其是巨方著作的出版，另壹方面更註重理、法、方、藥的研究。普濟坊是中國現存最大的坊書，也是明代最大的坊書。其藏書之廣，篇幅之大，幾乎囊括了十五世紀以前保存下來的方書的全部內容。《吳坤驗方》思路清晰，因證務實，說理透徹，出版後影響廣泛。
清代前中期醫學的發展呈現出錯綜復雜的局面。經過長期的歷史檢驗和積累，中醫的傳統理論和實踐已經達到完善和成熟。無論是整體的理論論述，還是臨床分支的實際診療方法，都有完整的體系，在當時療效突出。相對於其他國家的醫療情況，中國還是略好的。特別是溫病學派形成，在治療傳染性發熱、降低死亡率和預防感染方面發揮了積極作用。
明清時期，溫病專家多產生於江浙地區，以蘇州為中心，這與當時經濟、文化、科學相對發達，以及河流密布、交通便利、人口流動大、溫病流行頻繁等因素密切相關。被稱為“溫病四大家”的葉、、薛、、都是出自該地區的著名醫家。
正是由於這壹時期溫病臨床實踐和理論的發展，溫病在理論、方法、方藥等方面形成了自己的體系，形成了較為系統完整的溫病學理論。葉創立了齊威的辨證論治；吳鞠通創立了三焦辨證和溫病辨證體系。在溫病診斷方面，提出了許多獨特的方法，如觀察舌質、舌苔的變化；牙診是根據牙齦周圍的血色來區分陰陽，不僅對溫病辨證有重要價值，對內傷雜病也有重要價值，豐富和發展了中醫診斷學。溫病的治療也確立了清熱養陰的原則，極大地豐富了中醫的治療方法，其中許多方法被臨床實踐證明是有效的。
經過長期的歷史檢驗和積累，傳統的中醫理論和實踐在清代已臻完善和成熟。無論是整體的理論論述還是臨床分支的實際診療方法都有完整的體系，在當時的條件下療效突出。這壹時期出現了許多著名的醫家和醫學著作，如徐大椿(1693-1771)、陳修園(約1753-1823)、龔廷賢等。其中王清任(1768-1831)更具創新性。他在長期的醫療實踐中對解剖學的重要性有著獨特的認識，並努力探索解剖學知識。他參觀了墓地和刑場，觀察屍體，繪制人體內臟圖。1830年，他寫了壹本《林逸改錯》。
鴉片戰爭後，隨著帝國主義列強的入侵，西方醫學隨著西方文化的東傳開始進入中國。壹些人在學習和接受西方文化的同時，產生了壹種“民族虛無主義”的思潮，也正是在這種思潮的影響下，開始排斥中醫，使得中醫的發展進入低谷，步履艱難。也有壹些仁人誌士開始尋求中西融合之道，出現了壹些中西融合的大膽探索和實踐者。
其中，以唐宗海為例，主張中西醫結合，希望保存和發揚中醫，主要是用西醫來印證中醫；還有雲鐵橋，他對中西醫都做了系統全面的研究，主張中西醫結合以中醫為主，註重實效。到了近代，出現了壹個代表人物張錫純。他是中西醫結合有所突破的代表，因為他治學嚴謹，源遠流長，學貫中西，勤於實踐，博采眾長，熱衷於向西方學習，敢於創新。
總之，中醫藥幾千年的悠久歷史也是中華民族的文化史，中醫藥對中華民族的繁榮昌盛起到了極其重要的作用。