但是，這種農業體系並不是簡單地回歸傳統農業，而是充分應用了現代科學技術的最新成果。總的原則是創造有利於作物生長的環境條件，通過各種農藝措施抑制病蟲害。同時通過種植業、畜牧業和生活，維持土壤氮平衡。
土壤病毒的診斷和清除
戰後德國的農業生產得到了很大的發展，農作物高產，水肥環境高，而“土病”，也就是農作物連作病也越來越嚴重。近年來，德國的植物保護科學通過化學技術從土壤中分離鑒定出相應的植物毒素，將這些積累的毒素從土壤中清除出去，使農作物健康生長。這項技術已經廣泛應用於農業生產中，並通過圖像處理技術與現代自動識別目標相結合。
創造益生菌生物環境
為了給益生菌提供適宜的生存環境，有機農業的生產技術體系要求保護時空的多樣性和連續性。德國農業提倡在同壹地區種植多種作物，保留非生產性作物的生長區域。
提倡少耕，保護土壤結構；減少耕作和土壤表層的機械使用，改善土壤結構。這樣既能保證穩定多樣的食物供應和豐富的食物，又能增強昆蟲等益生菌在田間的生存環境和系統的穩定性。
合理輪作、換茬和間作
德國的有機農業在傳統農業的作物留茬、輪作、間作方面總結了豐富的經驗。對於谷物、大豆、小麥、果園和蔬菜的連作障礙和殘茬問題，科學家和農民都采取了相應的輪作和間作方法來解決。不同作物間作、套種、混種，有效控制了病蟲害的危害，也有助於控制雜草的生長。采用合理的栽培技術，如增加覆蓋、調整播期和成熟度、使用抗逆品種、施用植物源殺蟲劑和驅蟲劑等。，可以最大限度地減少農業生產系統中的病蟲害。
值得壹提的是，德國農業是高度機械化的產業，間作、復種等農藝措施對農業機械和作業提出了新的要求。根據無條件滿足客戶要求的商業精神，德國農機進行了多種匹配，從而滿足了這壹要求。德國的農業機械質量和配置標準都比較高，政府相關機構每年都會對農業機械進行檢查，確保其高性能。
控制病蟲害發生的環境條件
土壤中病原菌的生長，因其類型不同，對適合其生長的pH值有壹定要求，如根腫病和紫羽病菌適合微酸性；適宜酸度有腐黴、晚疫病、拖黴、白羽病、白絹病、黃萎病、菌核病等；適宜的酸度——弱酸性是鐮孢菌等。除了馬鈴薯，幾乎所有的土傳病原菌都是真菌，所以都喜歡酸性土壤。
因此，如果將土壤的pH值調節到中性至堿性，就可以預防土壤傳染病。相當多的植物病害與溫度、濕度和光照等有關。德國科學家針對具體作物病害制定了不同的作物栽培方案，通過開溝、降低密度、減少遮蔭、增強透光等措施控制病蟲害，取得了很大的成效。農場形成了不同的作物，實施了相應的栽培方案，有效控制了病蟲害的發生。
註意有機肥的施用
德國有機農業除了禁止使用化肥、農藥等外來合成物質外，還非常重視改良土壤有機質，為放線菌提供豐富的營養，成為優勢菌群，控制作物病害。提高土壤有機質的措施包括種植綠肥、深根豆科作物、休耕農田和增加施用有機肥。
歐盟鼓勵旨在改善環境的農業補貼，而德國的農業支持政策壹直處於歐盟統壹的農業支持政策框架下，與之保持壹致，並隨著歐盟農業支持政策的演變而變化和發展。在補貼制度上，歐盟對農業不再實行產量補貼，而是對不同作物的面積、牲畜的數量和休耕農田的面積進行補貼。
農牧結合保持土壤氮平衡
德國家庭農場主要飼養牲畜，也從事種植。在政府政策的鼓勵下，有機農場只使用有機肥，使畜牧業和種植業相互促進，共同發展，減少過量施用化肥對土壤環境的汙染。德國農業的壹個顯著特點是畜牧業非常發達，是以畜牧業為主的農業結構，畜牧業產值占農業產值的60%以上。這種生產結構大大提高了農產品的附加值，為人們提供了優質營養的乳制品，改善了人們的飲食結構和生活水平，也增加了農業產值。
種植業生產畜牧業80%以上的糧食飼料，近20%的飼料問題靠進口解決。發達的畜牧業是德國有機農業的肥料基礎。
應用植物化感作用技術提高作物抗逆性
現代技術在德國農業中的應用有利於改善環境，促進農業的可持續發展。農學家發現了壹種新方法——植物強壯，增強植物抵抗力。德國農業界普遍認為，自我保護比預防和治療更重要，而不是藥物治療。
在德國的農資註冊中，有壹欄是植物滋補品的材料，專指增強植物抗逆性的農資。此外，德國農業中還使用植物源物質或生物活性物質來修復和調節土壤，消除土壤病害對作物的影響。