清代審級制度分為縣壹級、府壹級、巡檢司、巡撫或知事四級。死刑案件應由低到高逐級審理，最後由總督或總督報法院。知府陳露二審必須定案、定罪、定刑才能上報，三審由調查部門進行。司法廳是專職司法機構，負責該省的案件監獄。其行政長官被稱為司法特使，也被稱為司法部和太太，並有權審查各政府報告的案件。
當時浙江司法廳的法官是蒯和孫，他是舉人出身，並不輕視陳露這樣的學者。在收到杭州知府陳錄成提交的案卷後，蒯和孫沒有立即接受審判結果。他覺得楊乃武舉人的身份不相稱，因為考舉人不容易。壹旦他在考試中獲得了壹份工作，他就有可能參加進士考試，成為壹名官員，並有壹個光明的未來。他非常懷疑，帶著疑問看了所有卷宗，查閱了杭州政府的結案報告，組織了兩次訊問。此時，經過兩次折磨，楊乃武和戈比西心灰意冷，沒有反抗，於是他們像以前壹樣坦白了。蒯和孫見罪犯供述壹致，便叫來壹審的劉希同和陳露，詢問庭審情況，詢問庭審中是否有可疑之處。劉希同和陳露信誓旦旦地說，此案鐵證如山，不存在不公正。蒯和孫見此情景，便叫罪犯和證人簽字畫押，並將此事上報浙江巡撫。
三審草草收場，省法官蒯和孫根本沒有起到審核把關的作用。
按照清代制度，死刑案件經省法官審查後，仍需報巡撫或巡撫提審。當時福建、浙江都有巡撫，衙門設在福州。杭州沒有巡撫，只有巡撫，所以浙江巡撫負責這個案子的四審。
浙江省省長楊昌俊為人正派，在當地有很強的政治話語權，深得民心。接案後，為了使案情紮實，他認真閱讀卷宗，親自訊問罪犯和證人。但和葛早已被逼招供，翻案難，於是他們作了招供。看到這裏，楊昌俊沒有草草結案，而是決定另辟蹊徑。他派他的代理知縣鄭錫元到余杭進行私人訪問，聽取人民的意見，看看人民的意見是否與罪犯的陳述壹致。如果我們再深入壹點，我們壹定會水落石出。
鄭錫元到余杭後人生地不熟，打算依靠知縣劉希同，暗訪罪犯家屬和證人。劉希同見人從上面來，理所當然要好好表現，擺個酒席。在壹片忙亂中，鄭錫元告訴了劉希同他此行的目的。劉希同非常緊張，他立即告訴陳柱山給錢镠施加壓力，並警告錢镠按照原來的供詞招供。就這樣，鄭西關幾天的微服私訪，只得到壹些專門為他準備的虛假信息，但他認為暗訪很有效果。他回杭後向巡撫楊昌俊報告，當地百姓痛恨楊乃與畢通奸殺人，案情確屬“無辜濫殺”，並報告了暗訪過程。楊昌俊對暗訪的結果深信不疑，表揚並提拔了鄭錫元的辦事能力，免去了他的“候補”，推薦他到外地當知府。
按照清朝的制度，所有死刑案件都必須在終審即四審後，由總督或巡撫報朝廷，經朝廷核準後執行。同治十二年(1873)，十二月二十日，楊昌俊根據訊問和暗訪結果，完成結案報告，認為案情確鑿，維持原判，報法院。
第四次審判已經結束。第四次審判是終局的，楊乃武和戈壁只有得到法院的批準才能被處決。
楊乃武和沙鼠的案件從壹開始就引起了極大的關註。成立於同治十壹年(1872)的《申報》從第二個月就開始跟進此案。浙江省的人和在北京的浙江官員得知自己家鄉的文人中發生了這麽大的事，都很震驚，開始關註此案。
楊乃武從家人處得知浙江巡撫即將提審此案，知道錯過這個機會，就永遠無法翻身，於是在獄中寫下親筆信，陳述自己被葛碧陷害被捕的事實，法官嚴刑逼供。在供詞中，楊乃武列舉了案件審理中的八個問題，比如為什麽不允許他與錢寶對質；如果和葛碧通奸，不會讓葛碧心動等等。同時，為了讓朝廷相信自己確實是被誣攀，楊乃武捏造了許多攻擊葛碧家人的話，無中生有地加了兩個情節:壹是葛碧與余杭郡守、梨樹何春芳有染，被葛品蓮發現並毆打；第二，余杭縣縣長劉希同的兒子劉子涵和他的好朋友莊敏·阮德在葛品廉死後勒索楊乃武。被楊乃武拒絕後，他們勾結父親的力量蓄意謀殺了他。楊乃武委托他的家人向衙門投訴，但都沒有引起浙江省省長和公司等當地官員的註意。
楊乃武的家人從未放棄對楊乃武的營救。姐姐楊淑英(葉)壹直為弟弟努力，不怕拋頭露面；盡管他的妻子詹彩鳳(小楊展的)剛生完孩子不久，她也帶著繈褓中的孩子來到杭州的衙門裏訴苦。同治十三年(1874)四月，葉拿著在獄中寫的申訴材料，叫上婆婆家的長工王廷南、王阿木，過了二十多天，從上海乘船到了北京。他們先拜訪了北京的壹位同道官僚，經過他的指點，才知道應該向都察院遞交申訴材料。都察院是清朝設立的中央監察機關，負責參與和監督司法審判。它有權糾察和彈劾全國各地官員的壹切違法犯罪活動，也有權與刑部、大理寺共同審理重大刑事案件。
提交投訴材料時，意外發生了壹件事。由於清廷規定婦女不能向都察院遞交申訴材料，葉與王廷南、王商議良久，決定由王廷南進入都察院遞交材料。當時已將提交人上報至都察院，即將提交。走到都察院門口時，王廷娜突然改變主意，讓王代替自己遞交。王阿木只好自稱自己是王廷南，並提交了申訴材料。
都察院接受呈文後，對葉、王廷南、王阿木等人，違反法制，派人押解回老家，並勒令他們今後不得再行起訴。同時下文給浙江巡撫，要求復核此案，找出漏洞和疑點。浙江巡撫楊昌俊接到都察院的命令，認為這是壹個不容置疑的鐵案，十分不屑，於是交給原審結案的杭州知府陳露。
盡管陳露認定案情清楚，無可辯駁，但上級不敢違抗命令，他還傳喚了地主王林和王信培等證人。幾個目擊者看到犯人已經招供了，他們也是隨意招供，以免惹上麻煩。陳露見與原審相同，仍按原審判決上報浙江巡撫楊昌俊，楊昌俊隨後上報都察院。都察院對案情沒有疑問就可以結案。第五次審判也草草結束。
其間，楊乃武的家人三番五次到臧倩鎮的愛仁堂藥店尋找“錢寶生”。他們軟硬兼施，乞求“錢寶生”證明楊乃武沒有在那裏買過煙。錢镠怕被知縣劉錫通打壓，死活不讓楊家。後來被糾纏，不得不出去逃避。的家人還找到了葛品蓮的母親沈，懇求她撤訴，救壹命，並答應用金銀田地報答她。沈急於為兒子報仇，拒絕了。同年6月和7月，楊乃武的妻子楊占時也曾向浙江巡撫和柞司衙門申訴，均無結果。
壹起小小的刑事案件，居然驚動了中央最高監察機關，在《申報》上被廣泛報道。楊碧的案子引起了全國各地的關註。尤其在浙江和北京，朝野皆知。官民密切關註該案的審理進展，甚至驚動了當時杭州著名商人胡雪巖。
胡雪巖(1823 ~ 1885)，本名永光，本名雪巖，安徽績溪人，籍貫杭。在原浙江巡撫、閩浙巡撫左的支持下，辦錢莊，辦洋務，後在杭開胡慶余堂藥店，資金3000余萬元，田畝1萬畝，捐譽江西省候補道，成為宣和壹方的官商。他慈善大方。楊乃武案發生時，胡雪巖正在杭州籌辦胡慶余堂。他的壹個屏幕朋友，吳藝彤和楊乃武，都是貴友克鄉的候選人。他知道是個正派人，定了罪會有冤屈，就告訴胡雪巖的妹妹葉已經進京告狀，準備再死壹次。胡雪巖大受感動，深表同情，委托吳壹桐介紹葉，並答應資助他們壹家的北京之行和在北京的壹切生活費。
在胡雪巖的支持下，楊業準備第二次向朝廷匯報。這時，恰好有壹位浙江籍的北京官員和《夏通山》的編輯丁回到了北京。胡雪巖為他餞行，並請吳藝彤陪同。席間，胡雪巖和吳壹桐向夏通山解釋了楊乃武的冤案，並勸他在北京設法幫助他。夏同山對家鄉的這起冤案深感震驚，表示會盡全力幫忙，並留下了自己在北京的地址。
今年7月，楊乃武的妻子詹彩鳳和她家的幫手姚世發壹起去了北京。他們走了兩個多月才到北京，根據地址找到了夏桐山。在夏通山的指導下，楊展向步軍和衙門遞交了楊乃武的申訴材料。這份投訴材料以《浙江余杭楊二敲原投稿》為題刊登在《申報》上，使得的投訴理由廣為傳播，幾乎人人皆知。同時也給了步軍領導衙門很大的壓力，他們已經應付不了差事了，只好把材料打在慈禧太後和皇上身上。很快，聖旨下來了，此案交由浙江巡撫、省法官* * *復查，要查明真相才能成信。
浙江巡撫楊長鈞得了聖旨，不敢像上次壹樣交給杭州知府陳露審判。他絞盡腦汁，試圖另辟蹊徑，認為由外人來審理此案可能會更加中立客觀，沒有先入之見，於是委托浙江湖州新任知府四光、紹興知府龔家軍、富陽知府徐家德、黃巖知府陳寶山共同審理此案。移交案件時，楊長軍還對他們進行了反復灌輸，強調要秉公執法，不浪費，不濫用。幾個下屬在上級面前自然是卑躬屈膝，唯唯諾諾。
幾個下屬也不糊塗，知道這個案子的審理壹定不能和老板的結果有什麽不同，否則簡直就是和老板過不去，自找苦吃。審判時，他們不敢處罰。楊乃武看到審判是由聖旨命令的，並沒有施加任何懲罰。知道書面申訴材料起了作用，他推翻了原來的全部有罪供述，重新聲明自己與本案無關。葛碧也趁機徹底翻供，否認自己毒死了丈夫。湖州知府西光壹看形勢不妙，就不收拾了。壹次審訊後，他找了個借口退出了審訊組。在隨後的審判中，紹興知府龔家軍擔任審判長，由兩名知府協助。從審訊到審判，兩個主犯楊碧拒不認罪，毫無頭緒。他們既不能維持原判，也不能推翻原判。就在三名審訊人員沒有臺階下的時候，同治皇帝駕崩，又恰逢浙江省三年壹度的大考，案件的審理不得不暫停。經過長時間的拖延，三名審訊人員自願提交辭呈，並要求選擇另壹名官員受審。
就這樣，第六次審判無果而終，不了了之。
同治皇帝去世後，光緒皇帝於次年(1875)正月二十日繼位。按照慣例，新皇帝登基繼位，為了顯示天子的仁慈和慷慨，必須大赦天下。但楊碧壹案因審而不了了之，且案情重大，叛逆罪惡，故不列入大赦之列。
在第六次審判中，楊乃武和戈比西雙雙翻供的消息經《申報》報道後，立即傳遍了全國。案情撲朔迷離，久拖不決，引起朝野各種猜測。今年4月24日，刑事部王書瑞忍無可忍。首先發難，上奏皇上，彈劾浙江巡撫楊昌俊等人“審案以示偏袒”，故意拖延時間，企圖等楊、畢等犯人及相關證人死在獄中，以草草結案，維持壹審判決，以利審查。王樹瑞壹怒之下，要求兩宮皇帝和皇太後再派壹名京都官員調查此案，以打消壹切疑慮。奏章壹出，回答者聚集起來，把矛頭指向浙江省省長楊昌俊。楊昌俊寫了壹封信為自己辯護，說不是故意延期的。真的是因為他恰逢海豹突擊隊，與國衫相遇，在本省有科研。他還說，雖然楊、畢曾多次翻供，但藥店裏“錢寶生”的供詞是壹致的，他供認家人經常到他店裏鬧事，逼他翻供救命，案情反復變化，他在尋求真相。但迫於輿論和大臣們的壓力，光緒皇帝任命浙江進士胡瑞蘭全權負責此案，並命楊昌俊對楊、畢及涉案重要證人嚴加看管。如果他死在監獄裏，他將受到嚴厲的懲罰。
清代，各省、州、縣都設立了學政。教務負責地方科舉，選拔人才等。，通常由知識淵博的人持有。浙江省學者胡瑞蘭，是知名學者，在當地也頗有名氣。當聖旨任命他負責楊、畢的審判時，胡瑞蘭正在浙江忙於考試選拔。楊長軍把未完成的案卷、罪犯、重要證件交給他的時候，忙得焦頭爛額，急得直到忙著審查選拔才開始看卷宗。
毫無疑問，胡瑞蘭作為政治系的學生，主管著省裏的科研和人才選拔。他學識淵博，能力出眾，但在審理案件，尤其是復雜的刑事案件上有些力不從心，更別說之前從未接手過案件。他自己也對這個萬眾期待的謎團憂心忡忡，而聖上家族又沒有派其他官員坐鎮審理，只好向皇帝說明，允許他從下屬中挑選幾名官員坐鎮審理，說明他沒有幕後操作，保證了案件公開，秉公執法。經過半個月的觀察，他最終選定寧波知府邊寶成、嘉興候補知府羅子森、顧德恒、龔世同參加審理。這四人都不是原審官，沒必要站隊。
盡管如此，由於天賦有限，胡瑞蘭還是沒能抓住案件的關鍵核心。他沒有從案件的源頭入手，而是調查了楊乃武的申訴材料。經過不眠之夜和夜以繼日的努力，胡瑞蘭確實在楊乃武的投訴材料中發現了許多捏造的事實。比如，楊乃武在訴狀中稱，葛品蓮搬出另壹個尋租辦公室，是因為楊乃武告訴葛品蓮，葛比比有不良行為，導致葛比比被丈夫毆打，從而對楊乃武懷恨在心，誣告楊與其通奸、共謀；又如說知縣的兒子，人民的強人阮德，不能向他勒索錢財，所以誣陷楊和葛通奸；再比如他說葛碧石和賀春芳有染，為了證明葛碧石和自己有仇，葛碧石有陷害自己的動機，以此來洗清自己的罪名。
胡瑞蘭對這些事件進行了認真調查，發現楊乃武投訴材料中所列的這些事實根本不存在。余杭縣令劉希同的兒子不叫劉子涵，叫劉海生。同治十二年四月回天津老家，案發時不在余杭。胡瑞蘭還發現楊乃武家人的許多做法都很可疑。比如，他們到葛品連的母親沈家，懇求沈撤訴，到鎮逼錢寶生收回當初的誓約。就連冒充王庭南的王去都察院遞交申訴材料，也被胡瑞蘭發現了。胡瑞蘭認為楊乃武做賊心虛，試圖掩蓋事實，取消證據。從這裏開始，胡瑞蘭連夜折磨楊和畢。楊乃武、葛碧擔當不起，只好照原作假服。
光緒元年(1875)十月初三，胡睿蘭上奏皇上和皇太後，稱本案無冤，擬按原判定罪。葛因強奸串謀殺夫罪要在年內處死，而因奸夫有意要殺夫，要做決定，又被控作偽證，多加壹罪；錢寶生擬犯私售砒霜致人成年罪，擬貼80；王阿木逼錢寶生提交供狀，還為葉把持北京控制權，與王廷南、姚世發提出八十大棒。楊公之，吳玉坤等。為楊乃武提供證據，並向他們提交了壹份公開報告。因為他們不知道楊乃武是被強奸謀殺的，沒有通奸的何春芳和沒有出軌的阮德沒有被追究責任。
7.結案。
寫結案報告時，由於案件經過多人審理，罪犯和證人的陳述不壹，甚至不壹致。胡瑞蘭在奏折中陳述案情梗概時，費了壹番心思，盡力把案情中的矛盾流暢而細致地雕琢出來。如12年8月24日，有人說那天在葛碧的房間裏非禮，被葛品璉抓住，楊逃脫。葛品連質疑葛碧真相，打老婆，鄰居來勸解。葛品連說是因為老婆來不及腌制蔬菜。另壹方面，據說葛品蓮因為鹹菜遲遲不上，打了老婆。葛比什剪了頭發，想出家為僧。楊乃武聽說後，就去打聽，到葛家門口壹看，屋裏人很多，只是回頭沒進去。這兩種說法有很大的區別。胡瑞蘭想了想，歸類為“鹹菜雖然耽誤了，其實是因為和楊的曖昧關系。”再比如沈質問他媳婦關於兒子死因的問題，事後他的說法也是自相矛盾的:先是說他媳婦拒不供認謀毒情節，後又說他勾結楊向他媳婦謀毒，前後矛盾。胡睿蘭在最後壹場演出中說:“壹開始葛碧的話支支吾吾，後來他說楊乃武給火藥味了。”以此類推，讓整個結案報告看起來天衣無縫，這就足夠決定了。
同時，胡睿蘭想起了向皇帝和太後奏“趙娟”的方式，以示自己沒有徇私舞弊。他詳細記錄了罪犯、葛的供述和沈、王林、盛的證言，並與他們的結案報告壹起播放。按照清朝的制度，清朝的督撫、督撫辦理的死刑案件，不需要向法庭報告犯人的口供和證人證言，只需要報告結論報告即可。胡瑞蘭之所以舉報“招嫖書”，無非是該案在朝野引起轟動，各方傾向不同。這份公開的供詞和證詞可以告訴世人，該案的審理沒有欺詐和徇私。
這個案件的第七次審判以楊乃武·戈比的虛假訴訟而告終。