專業圖書館服務面臨的第二個挑戰是用戶和讀者對知識型服務的需求。在數字網絡環境下，專業圖書館的各項工作都發生了深刻的變化，專業化和知識化的需求成為“第壹題”需求。但目前專業圖書館只提供壹些與知識服務相關的基礎服務，包括學科檢索、科技查新、用戶教育、學科導航等。，而且還沒有實現真正的知識服務。專業圖書館應充分認識到自己作為信息和知識提供者在科技創新中的重要作用，同時加大數字資源建設，探索信息資源廣泛共享的途徑，以解決信息量快速增長、用戶需求無限與圖書館收集和加工信息載體能力有限之間的矛盾。圖書館應根據實際情況和服務對象的特點，制定服務機制和人才引進、培養、激勵機制，使圖書館服務融入科研過程。
人才隊伍建設是專業圖書館面臨的第三個挑戰。科研活動最需要的是有針對性的信息服務，這就要求圖書館服務嵌入用戶的科研活動中。現代科技文獻信息服務依托數字技術，實現了日常、直觀的信息分析服務，能夠有效揭示文獻信息背後的“真實信息”。目前專業圖書館的專業服務人員很少，而且不是有學歷背景的服務人員。另外，科研型服務是在資源、技術、人力等合作的基礎上更為復雜的多層次、全方位的合作，因此人的因素具有很大的決定作用。要有效實現專業圖書館服務模式的轉變，必須通過多種形式培養和造就壹批素質高、知識服務能力強的專業服務團隊。