1.工資支付缺乏公平性
薪酬制度的不公平主要體現在兩個方面。壹個是固有的不公平。二是外部不公平，這裏主要討論內部不公平。內在不公平可分為縱向不公平和橫向不公平。縱向不公平主要是指企業不同層級的員工薪酬差距過大。壹般情況下，企業非常重視管理。支付給高層管理人員的工資比中層管理人員高很多倍，並賦予他們很大的權力來支配自己的工作。灰色收入遠遠高於其他層次員工的所有收入。極大地挫傷了其他員工的積極性和對企業的責任感。不滿和不滿在企業中隨處可見。還有中層管理人員的薪酬比基層主管高出幾倍，基層主管作為技術骨幹和普通員工差別不大，但基層主管卻要承擔很大的責任。如果生產出現問題，責任在基層主管而不是普通員工。這種責任與收入的不對等導致企業技術骨幹的流失。橫向不公平主要是指不同部門同壹職位的薪酬存在“壹刀切”的現象。然而，在實踐中，不同部門的員工有不同的專業技能和他們對企業的貢獻。雖然來自同壹個級別，但是工資水平也應該是不壹樣的，體現了按勞分配的原則。
2.獎金制度缺乏靈活性。
獎金和福利保險形式的外部薪酬已經成為薪酬體系中不可或缺的壹部分。它在當前的薪酬管理中發揮著重要的作用。然而，在外部獎勵的分配和規劃上，中國企業嚴重缺乏靈活性，導致外部獎勵的激勵效果甚微。目前我國大部分企業的獎金和獎勵在相當程度上已經失去了獎勵的意義，成為固定的附加工資。在福利保險管理上，企業繼承傳統的福利保險計劃，提供統壹的福利保險。忽視員工需求的差異，企業往往陷入兩難境地。福利保險計劃是應該提供的，但是提供之後並不會起到明顯的激勵作用。最終這些計劃只是流於形式，壹方面增加了企業的實施成本，另壹方面員工的積極性並沒有得到提高。
3.薪酬體系不透明。
保密薪酬制度在薪酬管理上給了管理者很大的自由度，因為他們不必解釋所有的薪酬差異，也可以減少員工與企業、員工與員工之間的矛盾。然而，保密薪酬制度不僅切斷了薪酬與績效的直接聯系，也防止了管理者在薪酬分配中以個人好惡代替績效標準，為流言蜚語的產生和傳播創造了有利條件。正是因為保密的薪酬制度，公司員工之間相互猜疑，對管理層失去信任。所以薪酬體系越開放越好，不僅是結果，還有過程。企業不僅要告訴員工薪酬數字的多少，還要告訴員工選擇這種薪酬制度的背景和導向。