項目可行性論證的重點是先進性、可行性、可靠性、適應性、經濟和社會效益等。目前科技項目論證的不足主要體現在以下幾個方面:壹是項目負責人急功近利，為了項目而項目，但缺乏對項目的技術可行性、經濟可行性和實施應用條件的全面、系統、前瞻性的分析；二是對項目承擔單位的綜合條件不詳細、要求不高，對項目相關的生產經營、信用狀況、發展狀況、組織管理能力等缺乏深入客觀的研究；三是項目負責人貪大求全，預期目標定位錯誤，主觀誇大項目預期目標，效益指標預測失真，技術水平超前評價過高。
2.科技項目管理實施過程中沒有有效的動態監控機制。
項目管理部門尚未建立有效的項目跟蹤、評估等動態監控手段，未能對項目實施的全過程實施有效監督管理，在項目實施過程中對投資情況和項目實施進度了解不深。項目實施單位擅自改變研究目標，未按合同要求使用科技經費，未能在合同期限內完成項目。
3.科技項目管理小、散、低，無法形成連鎖模式。
科技項目規模小，學科孤立，缺乏整體性、系統性考慮。項目負責人往往是父子兵，或者直接單幹，未能形成大兵團作戰。這些都不能充分發揮項目承擔者原有的經濟技術條件，難以體現科學研究在基礎研究和成果開發中的引領作用，更談不上在相關研究領域實現理論或技術突破，促進科技成果的產業化和規模化。
4.科技項目管理不引入競爭機制，很難形成壹流的團隊。
傳統的科技項目管理體制封閉僵化，項目承擔者之間缺乏競爭和交流，無法形成有效的合作關系。科研團隊的組建受到固有部門隸屬關系的制約，無法聚合壹流人才、集中科研力量、整合相關科技資源，導致科技項目低水平重復，沒有形成項目鏈和產業鏈，項目實際效益不理想。
5.科技項目管理績效評價機制倒掛，導向作用偏離初衷。
項目成果鑒定驗收制度不健全，評價方法不夠科學嚴謹，導向作用偏離生產力轉化目標，項目驗收和結題工作不及時、不到位，不能體現項目成果的推廣。
6、科技項目管理合同履行缺乏法律約束，懲戒措施尚未建立。
簽訂的科技項目合同不具有法律約束力，如何履行合同也沒有明確、清晰、有效的規章制度。在實際執行過程中，沒有有效的監控措施保證項目承擔方嚴格履行合同規定，違約後也沒有懲戒措施可循。上述問題的存在，大大增加了科技項目的開發和實施成本，降低了項目實施效率，增加了科技資金的投資風險，影響了科技工作在區域經濟、科技建設和發展中應發揮的功能和作用。因此，改革現行科技項目管理體制，構建高效、系統、科學的項目管理機制是當前科技管理工作的重點。
7.科技項目管理中缺乏風險意識。
科技項目在論證和規劃時，沒有可行的風險應對方案，對重大科技項目實施帶來的風險聽之任之。沒有項目風險管理計劃，沒有項目識別和分析的技術和方法。