醋桿菌、乳酸菌、非致病性棒狀桿菌等應該是食品中常用的。
醋桿菌主要存在於腐爛的果蔬、酸果汁、醋和飲料等中。屬於革蘭氏陰性無芽孢桿菌兼性好氧。醋桿菌能將乙醇氧化成乙酸。醋酸桿菌在糖源充足的情況下可以直接將葡萄糖轉化為醋酸；在氧氣充足的條件下，酒精可氧化成醋酸制醋，所以常用於食醋和果醋的發酵。
乳酸菌是指壹種無芽孢、革蘭氏陽性菌，其發酵糖的主要產物是乳酸。所有能由葡萄糖或乳糖發酵產生乳酸的細菌統稱為乳酸菌。這是壹群非常復雜的細菌，至少可以分為18個屬，200多個種。發酵乳制品主要包括酸奶和奶酪，主要生產菌種為乳酸菌。除少數外，大部分都是人體內不可缺少的具有重要生理功能的菌群，廣泛存在於人體腸道內。常用於酸奶、果蔬發酵飲料、泡菜等。具有提供營養和改善胃腸功能的作用。
酵母在食品中的應用:
釀酒酵母:
釀酒酵母是酵母屬中的典型菌株，也是壹種重要的菌株。廣泛用於釀造啤酒、葡萄酒、白酒和果酒以及制作面包。由於酵母含有豐富的維生素和蛋白質，可用作藥物和飼料，具有很大的經濟價值。
面包酵母:
酵母是面包生產中必不可少的生物軟化劑。面包酵母是單細胞生物，屬於真菌，學名啤酒酵母。面包酵母有多種形式，如圓形和橢圓形。生產用橢圓形的比較好。酵母是壹種兼性厭氧微生物，可在有氧和無氧條件下發酵。酵母生長和發酵的最適溫度為26~30℃，最適pH為5.0~5.8。酵母耐高溫的能力不如低溫，在60℃以上會迅速死亡，但在-60℃仍存活。生產中使用的酵母主要有鮮酵母、活性幹酵母和速溶幹酵母。
黴菌在食品中的應用:
黴菌廣泛應用於食品制造。許多發酵食品和食品原料，如豆腐、豆豉、醬、醬油、檸檬酸等都是在黴菌的參與下生產的。黴菌在食品中的應用主要體現在醬和醬油中。