清教派的領袖c·馬瑟對哈佛對不信者越來越寬容的態度深感不滿，於是他鼓勵英國富商E·耶魯捐款建立新學校。耶魯之所以以他的名字命名，是因為它對這所學校的持續捐贈。學校早期的課程註重古典學科，堅持正統的宗教觀點。1828美國全國提出大學課程以實用科目為主，而不是古典科目。耶魯大學校長J. Day發表耶魯報告為傳統課程辯護。這份報告直到南北戰爭仍有影響，減緩了美國大學引進實用文科課程的進程。1908年，耶魯大學開始不再要求學生必修希臘語。在當時a哈德利校長的影響下，他開始註重專業訓練。該大學圖書館擁有600萬冊圖書，是美國最大的圖書館之壹。耶魯大學大學美術館，建於1823，館藏豐富，是美國大學最早建立的美術館之壹。耶魯大學的皮波自然歷史博物館收藏了古生物學、考古學和人類文化的重要文物。1969之前耶魯只招收男生，後來是男女同校。
1701年，詹姆斯·皮爾龐特領導的壹批公理會傳教士說服康州朝廷同意設立教會學校，讓年輕人“學習藝術和科學，為教會和國家服務”。10受托管理學校的牧師從他們的藏書不多的圖書館裏拿出40本書作為學校的資本。1701 10年6月，教士們選舉哈佛大學畢業生亞伯拉罕·皮爾遜為首任校長，教會學校正式成立。但是直到第二年三月，學校才有了第壹個學生，雅各布·海明威。1707年第壹批18學生獲學士學位。當初沒有校舍，學生分散在康涅狄格州的六個城市。1716年，受托人壹致投票決定將學校遷至紐黑文。
1718年，英國東印度公司高級官員伊利胡·耶魯先生向這所教會學校捐贈了九捆總價值為562英鎊的貨物，12先令，417冊書籍，以及英王喬治壹世的畫像和盾形紋章。在當時，它是耶魯大學起步階段的禮物。為了感謝耶魯先生的捐贈，學校正式更名為“耶魯學院”，也就是今天耶魯大學的前身。從20世紀30年代到80年代，在伯克利主教、斯泰爾斯牧師和波特校長的不懈努力下，耶魯逐漸從學院發展成為大學。到了20世紀初，隨著美國教育的飛速發展，耶魯大學發展到了驚人的規模，在世界上的影響力也達到了壹個新的高度。