早期文獻表明，NAA與自身抗原的結合具有低親和力和高親和力的特點。但近年來發現，NAA的親和力變化很大，解離常數多在10-5-10-8 m範圍內，發現特異性針對IL-1α的NAA解離常數高達5× 10-11 m，天然自身抗體不壹定有高親和力產生有效的免疫反應。低親和力的NAA之間的網絡相互作用可以產生新的生物活性，這些生物活性來源於網絡的綜合作用，並不壹定是組成網絡的獨立成分所具有的。
連接性是用來描述抗體可變區(V區)與互補Ig可變區或淋巴細胞表面受體可變區反應程度的概念。NAA顯示出比用外源抗原主動免疫產生的“免疫”抗體更高的關聯性。NAA可以識別自體血清中Ig的獨特型，這可以為體液免疫系統提供建立由V區介導的強大網絡的潛力。通過與膜表面抗原結合，NAA可以激活B淋巴細胞來調節整個B細胞的功能狀態，包括NAA抗體的表達。正常IgG也具有選擇所有T細胞庫的重要潛力。因此，聯合NAA在維持自身穩定性，特別是免疫系統的自穩態中起著非常重要的作用。
B細胞根據其位置和表面標記可分為傳統的CD5- B細胞(B-2細胞)、腹膜CD5+ B細胞(B-1a細胞)和腹膜CD5-B細胞(B-1b細胞)。目前，大多數學者認為B-1a細胞是產生NAA的主要細胞。人類胚胎中的B細胞，主要表達自身反應性克隆。此時，CD5+ B細胞構成脾臟B細胞的50-70%和臍帶血和肝臟B細胞的90%。但也有資料表明，CD5- B細胞也能產生多反應性NAA，類風濕性關節炎和幹燥綜合征患者循環血中CD5+ B細胞數量增加。這些細胞已被證明能產生高親和力的病理性自身抗體，因此NAA產生的細胞學基礎有待進壹步研究。對人類天然自身抗體、外源抗原誘導的單克隆抗體和自身免疫性疾病相關的單克隆抗體的V區基因進行了分析研究，發現了它們各自抗原結合位點的壹些遺傳結構特征。大多數NAA由種系基因編碼，它們實際上不會發生突變，但編碼NAA的種系基因在體細胞突變後有可能編碼病理性自身抗體。