運輸費增值稅稅率為9%，主要適用於運輸服務，包括陸運、水運、空運、管道運輸和非交通工具運輸。此外，壹般郵政業務、特種郵政業務和其他郵政業務等郵政業務也適用9%的稅率。這些服務通常涉及專用性較高的貨物運輸，需要采取特定措施，因此稅率相對較高。相比之下，6%的稅率壹般適用於服務業的壹般運輸，如普通貨物的物流配送、快遞服務等。對於運輸企業來說，在開具運輸發票時，需要根據貨物和服務的種類選擇正確的稅率，以規避稅收風險。
運輸費用的稅務管理；
1.稅收征管法律法規:明確規定稅收征管法律法規，包括稅率設定、納稅申報、納稅等；
2.納稅人資格:定義哪些企業或個人需要繳納交通運輸稅，如何確定納稅人資格；
3.稅收優惠政策:介紹針對特定行業或地區的稅收優惠措施以及如何申請；
4.稅務登記程序:描述納稅人進行稅務登記的流程，包括所需材料和登記的有效期限；
5.稅收違法行為的處理:闡述了對偷稅、漏稅等違法行為的處罰措施和處理程序。
綜上所述，陸路、水路、航空、管道運輸、非運輸工具和郵政等運輸服務均適用9%的增值稅稅率，體現了這些服務在運輸特殊貨物時需要采取的具體措施和相對較高的成本，而物流、快遞服務等相對普通的服務服務通常適用6%的稅率，運輸企業需要按照服務類型和貨物種類準確開票，規避稅收風險。
法律依據:
中華人民共和國增值稅暫行條例
第二
增值稅稅率:(1)納稅人銷售貨物、勞務、有形動產租賃服務或者進口貨物，除本條第2、4、5項另有規定外，稅率為17%。(二)納稅人銷售交通運輸、郵政業、基礎電信、建築業和房地產租賃服務業，銷售不動產，轉讓土地使用權，銷售或者進口下列貨物，稅率為11%: 1。糧食、食用植物油、食用鹽等農產品；2 .居民自來水、供暖、空調、熱水、燃氣、液化石油氣、天然氣、二甲醚、沼氣、煤制品；3 .圖書、報紙、雜誌、音像制品和電子出版物；4.飼料、化肥、農藥、農機、塑料薄膜；5.國務院規定的其他貨物。