吸煙會導致肺癌。總死亡率的90%是由吸煙引起的。壹個每天抽十支煙的人，患病率是非吸煙者的十倍。受損的細胞無法恢復正常。直到癌細胞擴散到血管和其他器官，最初的癥狀才會被發現。吸煙還會引起肺氣腫，肺部支氣管中積累的有毒物質會阻礙人體吸入的空氣的正常呼出，使肺細胞膨脹或破裂，導致患者呼吸困難。
患有腸胃病的人，吸煙足以使腸胃病加重。胃潰瘍或十二指腸潰瘍的人，會使潰瘍的愈合速度變慢，甚至變成慢性病。吸煙會刺激神經系統，加速唾液和胃液的分泌，使胃腸道經常緊張，導致吸煙者食欲不振。此外，尼古丁還能收縮胃腸粘膜血管，降低食欲。
吸煙者骨折恢復期比不吸煙者長。可能是香煙中含有的尼古丁和壹氧化碳減緩了骨骼再生的進程。尼古丁會收縮血管，減少流向新骨的血液。吸煙時吸入的壹氧化碳也會降低氧氣進入身體的速度。吸煙會導致骨炎和背痛。每天吸煙十支以上，骨膜炎患病率會增加壹倍。大部分背痛嚴重的人對吸煙非常上癮，這是因為吸煙會減少關節盤的血流量，關節盤會早期退化。吸煙會導致關節炎。每天抽壹包煙，患病率會增加50%。女性吸煙者絕經後更容易患骨折和關節病。吸煙會導致更快的骨質流失。女性從青春期到更年期，持續每天抽壹包煙，骨骼比不吸煙者少5%到10%。吸煙者進入更年期，骨質流失速度更快。吸煙會幹擾雌激素，而雌激素是骨骼發育的重要激素。
吸煙是慢性阻塞性氣管疾病的主要原因。因為吸煙可導致支氣管上皮細胞的纖毛變短、不規則，及其運動障礙，降低局部抵抗力和免疫力，易受感染。
吸煙會增加肝臟的負擔。經常吸煙會影響肝臟的脂質代謝，增加血脂，降低良性膽固醇，增加惡性膽固醇。這就造成了肝臟的解毒功能負擔加重。
吸煙會導致結腸癌。患這種癌癥的幾率與吸煙量成正比。研究表明，盡管戒煙可以降低患心臟病和肺癌等其他疾病的幾率，但結腸癌的風險仍然很高。