1.用藥理論:在用藥理論方面，中醫依靠中醫基礎理論和辯證思維方式，西醫依靠現代西醫的生理病理思維方式。相對而言，西醫的思維方式更容易被理解和接受，而中醫的理論和思維方式相對抽象、復雜、晦澀。以感冒為例。西醫認為是上呼吸道感染，可以具體到感染部位、感染微生物種類、感染嚴重程度。以上情況明確後，用藥的選擇就比較簡單了。中醫將感冒分為風寒感冒、風熱感冒、暑濕感冒、氣虛感冒、陰虛感冒等證型。由於具體癥狀不同，每個證候可以選擇不同的治療方案，很少出現壹病壹藥的情況，所以藥物的選擇比較復雜。
2.藥理研究:在藥理研究方面，如藥物的吸收代謝過程、藥物的有效成分、有效血藥濃度等諸多方面，西醫較為明確，而大部分中藥不夠明確，用藥壹般來源於長期的臨床經驗。西醫的優勢是用藥明確，中醫的劣勢是雖然有用藥證據，但具體細節不夠明確；
3.藥物作用:針對不同的疾病，西醫和中醫各有優勢。以感冒為例。如果明確是細菌感染，而且比較嚴重，壹般吃西藥抗生素見效比較快，中藥通常見效比較慢。如果非細菌感染後咳嗽持續時間較長，服用中藥效果較好，西藥效果不佳；
4.毒副作用:由於西醫的藥理研究比較明確，所以毒副作用也比較明確和詳細，包括毒副作用的具體表現、中毒劑量、持續時間、緩解和治療方法等。而中醫在這方面比較不清楚，這也是中醫的壹大短板。
對於中醫的優劣，或者是選擇中醫還是西醫，最有意義的比較方法就是具體分析壹個病。只有綜合分析藥物療效、副作用、經濟條件等諸多因素，才能做出準確的判斷。