中國音樂療法的歷史可以追溯到近代。從7000年或8000年前出土的新石器時代文物研究中發現，某些圖案中有樂舞行為，從中可以體會到保健治療的意義。如仰韶文化、馬家窯文化、龍山文化等。《魯春秋·古樂篇》雲:“昔陶唐之時...人抑郁停滯，筋骨不能縮，故佯舞以傳之。”原始歌舞其實是壹種音樂鍛煉療法，對緩解抑郁情緒、暢通經絡、調節身心確實有好處，而且容易推廣實施。
2.春秋戰國時期
隨著中國古代文明的全面發展，中國的音樂保健療法的意識和方法也得到完善和發展，以《樂記》中的音樂理論和《內經》中的五音理論為代表，形成了早期中醫音樂療法的思想體系。
2.1月計
《樂記》是我國最早、最有影響的音樂理論專著。它是《禮記》的壹章，是儒家重要經典之壹。相傳是孔子弟子公孫尼子所寫。漢成帝時，劉向驍編纂了23篇《禮記》，其中11篇收入《樂記》。這十壹件作品包括:樂本、樂倫、李樂、施樂、樂言、樂享、樂清、華樂、魏文侯、賓某佳、B老師等。《樂記》系統整理樂理，確定五音(角、征、宮、商、羽)說，論述原樂；音樂的制作和欣賞；音樂對社會和個人都有重要作用，重視音樂與儀式的關系。《樂記》雲:“樂者樂，琴者樂；感物後動，聽修德；音樂主心，血氣平。”由此可以看出音樂與心身條件作用的關系。
2.1《黃帝內經》
先秦時期的《黃帝內經》認為，音樂與宇宙、天地、人體之氣密切相關。五音引入醫學領域，不僅與人的五臟六腑、情緒和性格密切相關，而且可以用來表示天地在時間和空間上的變化。
《靈樞五陰五味篇》中有專門的壹章，從臟腑陰陽二經的性質和位置解釋了五陰與臟腑陰陽二經的密切關系，並指出了調治時應取的經脈。同時列舉了五谷、五畜、五果、五味，五色五時相結合，對調和五臟經絡之氣有重要作用。
《蘇文陰楊穎香大論》和《蘇文金匱嚴陣》用五行學說將五聲音階中的宮、商、角、征、羽與人體五臟(脾、肺、肝、心、腎)和五感(思、憂、怒、樂、懼)的生理心理內容有機地聯系起來，詳細地說，心屬火，聲為征，誌為樂；脾屬土，聲為宮，誌為思；肺屬金，聲為商，誌為憂；腎屬水，聲為羽，誌為懼。“在《靈樞·陰陽二十五篇》中，根據多與少、偏與正等五音屬性深入分析身心特征，是中醫陰陽人格與體質理論的源頭，體現了辯證音樂的思想。
中醫五運六氣理論提出，五音健康，太少則互為關聯。既然五運十支各有陰陽，陽支多，陰支少。比如A有宮音，陽有宮音，陰有宮音，太多了，少了就不夠了。再比如A是陽土，陽土會生陰金B，也就是太公生少商；殷金會生出水漾C，就是生意少會生出太多羽毛；陽水會產生陰木丁，即太羽會產生少角，陰木會產生陽貨戊，即少角會產生多征；陽火必生陰土，即征多必生宮少。重復太少，陰生於陽，陽生於陰，不斷變化發展。應用五音來表現自然的時空變化規律，成為“天人合壹”理論的重要基石。
3.從漢代到清代的2000多年間，中醫音樂療法在臨床醫學的許多方面得到了壹些醫生的實踐和應用，積累了不少經驗，但就整體理論和操作方法體系而言，發展緩慢而系統，沒有得到廣泛的推廣和應用。
近十年來，隨著人類醫學模式的轉變和我國對傳統醫學的重新認識，中醫音樂療法受到了國內外眾多學者的積極關註和研究，逐漸成為壹個新的研究領域。