企業實現內部控制目標所必需的重要控制措施不充分或者設計不合理，致使內部控制目標無法實現，屬於設計缺陷；內部控制執行人未按照內部控制制度的要求執行，或者執行人不具備有效實施內部控制的能力，導致內部控制目標無法實現，屬於操作性缺陷。
內部控制缺陷按影響程度可分為重大缺陷、重大缺陷和壹般缺陷，其中壹項或多項控制缺陷導致企業嚴重偏離控制目標。企業被評估為存在重大缺陷的，不得出具具有有效內部控制結論的內部控制評價報告。
擴展數據
內部控制的缺陷和局限性表現為:兩者都是通過目標來判斷的；內部控制的缺陷在於不能為控制目標的實現提供合理的保證，而內部控制的局限性在於能為控制目標的實現提供合理的保證但不能為控制目標的實現提供絕對的保證。都來自內控設計和操作兩個環節。
內部控制缺陷與內部控制局限性的區別在於，內部控制缺陷是內部控制設計者在設計過程中沒有意識到的缺點，是內部控制在實施過程中沒有按照設計意圖運行，導致運行結果出現偏差的可能性。
內部控制的局限性是設計者在設計過程中預先預留的風險暴露，以及在操作過程中即使按照設計意圖操作也無法實現控制目標的可能性。
由於內部控制的局限性，內部控制只能為控制目標的實現提供合理的保證，而不是絕對的保證；內部控制缺陷的存在使得內部控制過程無法為控制目標的實現提供合理的保障。
百度百科-內部控制制度
百度百科-內部控制系統的弱點