兩者都屬睡蓮科植物，最容易識別的方法是蓮花的葉片表面有絨毛，且成葉會挺出水面，葉片為盾形、沒有缺口；睡蓮的葉片表面油油亮亮，成葉不會挺出水面，而是漂在水面上，葉片為橢圓形，而且V字缺口。
花朵的部分，蓮花的花朵較大，花瓣基部寬廣，圖案有白、紅、粉紅，集中在清晨開花；睡蓮壹般的花型比蓮花來得小（大王蓮例外），花瓣長狹，圖案有白、黃、紫、粉紅、紅、紫紅、藍，圖案多，在清晨或夜晚開花。
蓮花壹身都是寶，從花、莖、蓮子、蓮蓬、蓮藕（地下莖）都可拿來食用，不過蓮花的花期只限於夏天；睡蓮只利用它的花朵，來制作睡蓮花茶、香水，而且壹年四季都開花。
蓮花在佛教與印度教中，象征神聖與不滅，這些宗教的神明傳說故事中都會出現蓮花來陪襯，例如釋迦牟尼佛出生時就會走路，而且步步腳下生蓮花。中國人栽培蓮花也有兩千多年的歷史，蓮在古代的稱呼更多，在「詩經」中將蓮花稱作水芙蓉、水芝、澤芝、水華、水環；東漢時，佛教東傳中國，蓮也被中國人視為吉祥花卉，不但廣為栽種，而且還采食蓮子、蓮蓬、蓮藕。至於將蓮稱作「荷」，則是古中國人稱蓮的綠莖為荷，後來，蓮與荷兩者混為壹談，才索性通用。
首先，孤以為這個提問就是有錯誤的。正確的問題應該是“荷花與睡蓮”的區別。中國北方壹直稱蓮為荷，在人印象中，蓮花就是荷花，荷花就是蓮花。睡蓮文雅的古稱是“芙蓉”，臨沂的土語稱作“芙蕖”。多是栽種在深盆裏，置放於淺水。
我聽承包池塘的老李說漁戶是不種荷花的，因為荷莖多刺，容易擦傷魚苗。而芙蕖莖桿光滑，倒不是令老李頭痛的事。據孤在塘畔的直觀認識，荷葉亭亭如蓋，遠高出水面，多開白花。而睡蓮的葉子較小近圓葉，貼浮在水面上，紅花也貼水盛開。周美成詞雲：“水面清圓,壹壹風荷舉”。據此得出結論，要麽是個很雜交品種，要麽是周同學在想當然耳。
就植物學上的科別而言，蓮是宿根性水生植物，有專供欣賞用的花蓮，也有專供采蓮子用的子蓮。大致可分為二大類：睡蓮及荷蓮。
睡蓮與蓮花同為睡蓮科睡蓮屬，但為不同種的多年水生草本植物。睡蓮又可分為子時蓮及午時蓮二類。子時蓮通常在夜間開花，白天閉合；；午時蓮通常在白天開花，夜間閉合·常見午時蓮品種約有菩薩蓮、觀音蓮、子母蓮、香水蓮約有50 種之多。
荷蓮可分為三大系統：花蓮、 藕蓮及子蓮。花蓮大致為觀賞用約有 250 種； 藕蓮只要用途在采蓮藕，約有 16 種系·子蓮主要在采蓮子，品種在十種以上·各有功用。子蓮之地下莖亦可供應蓮藕使用，並可制藕粉。
┌—子時蓮——夜間開花，白天閉合
│
┌—睡蓮—┤ ┌—菩薩蓮—┐
│ │ │ │
│ │ ├—觀音蓮—┤
│ └—┤ —白天開花，夜間閉合·品種約有五十種·
│ ├—子母蓮—┤
│ │ │
│ └—香水蓮—┘
蓮 │
│
│ ┌—花蓮——觀花用——（約二百五十種）
│ │
└—荷蓮— ┤ 藕蓮——采藕用——（約有十六種）
│
└—子蓮——采蓮子用——（十種以上）