* 醫學理論體系不同
世界上的醫療體系大致上可分：
“擬人論醫學體系”(神學)：認為疾病的發生是由於超自然物（神靈）力量所造成的，如撒旦、鬼、神祇等，巫醫、乩童、符咒等即屬於此類。
“自然論醫學體系”(經驗醫學)：認為疾病的發生是由於自然環境的變化或人的生活方式不正常所造成的，如氣候的變化、飲食習慣、人的情緒變化等。中醫學、阿育吠陀、順勢療法等即屬於此類。
“科學論醫學體系”（實驗設計）：經由設立假說、實驗設計，並利用演繹、歸納等方法呈現結果，或借由科學儀器偵測所產生的醫學，是近現代醫學的主流，例如西醫。
其中前面兩者被歸類為傳統醫學或替代醫學，而後者則屬於現代醫學的主流。
* 診斷疾病的思維方式不同：
中醫看病以“辨證”為主，辨別主證、兼證，與西醫在診斷上註重“病”的方式不同。以感冒為例，西醫師會分辨究竟是病毒性或是細菌性的感染，會鑒別是上呼吸道感染或是合並肺炎；但這些診斷對中醫師而言，卻不是最重要的。以中醫的觀點，需要分辨的是，這是屬於風寒或風熱；若屬風寒則又辨屬於太陽病、陽明病或少陽病；屬風熱則辨別病邪在衛氣營血的哪個階段等。
* 治療的思維及方法不同：
中醫主要通過草藥、針灸、來調整人體機能，增強人自身的抗病能力來達到去除疾病，恢復健康，即“正氣內存，邪不可幹”，壹般來說對於治療頑固疾病，慢性疾病，和原因不明疾病效果較好，但對外科、及病情惡化快速的嚴重病變則沒有優勢。西醫主要通過醫學器械、化學檢驗確定病情，然後使用化學制劑、先進醫療設備達到殺死病源體或抑制治病途徑而治愈疾病，稱為對抗療法，對於外傷、急性病、和已知病因疾病效果明顯。
現代中醫理論提出中西醫結合理論，利用現代高新科技，完成檢測治愈疾病，采用中醫方法固本培源效果明顯。