是指利用現代工程技術，利用微生物的某些特定功能，生產對人類有用的產品，或者直接將微生物應用於工業生產過程的新技術。發酵工程的內容包括菌種選擇、培養基配制、滅菌、擴大培養和接種、發酵過程和產物分離純化。
發酵原理
功能
(1)發酵工程是根據發酵技術解決工業化生產的工程問題的學科。發酵工程從工程角度出發，將實現發酵技術的發酵工業過程分為菌種、發酵、精制(包括廢水處理)三個階段。這三個階段都有各自的工程問題，壹般分別稱為發酵工程的上遊、中遊和下遊工程。發酵工程的三個階段各有其工藝原理、設備和過程控制原理，共同構成了發酵工程原理。
(2)發酵工業幾千年的實踐，特別是近幾十年的實踐證明，微生物是發酵工程的靈魂。近年來，對發酵工程生物學特性的認識日益清晰，發酵工程正在向科學靠近。
(3)從生物科學的角度重新審視發酵工程，發現發酵工程最基本的原理是其生物學原理，而上述所有發酵工程原理都必須建立在發酵工程生物學原理的基礎上。因此，發酵工程的生物學原理是發酵工程最基本的原理，可簡稱為“發酵原理”。
其他的
(4)發酵原理的核心內容是復雜微生物系統的自然規律(即微生物生命活動的三個基本假設)。代謝能量支持(生命活動的前提和動力)假說暗示微生物活細胞是耗散結構，由代謝能量支持。這個假說體現了生命活動的空間性(有序取向)和時間性(有序周期性變化)。代謝網絡(生命活動的內容和結構)假說表明，代謝網絡是細胞代謝活動的運行圖。這個假說體現了生命活動的整體性、流動性和層次性。細胞經濟假說(生命活動的規律和控制)揭示了細胞經濟的運行原理，體現了細胞代謝活動的自主性。