1.實生選種
通過果樹種子繁殖，產生自然變異，對其加以選擇，以改進果樹群體（或個體）的遺傳組成，從而得到有利的園藝性狀的群體品種（或營養系品種）的育種方法就是實生育種，在各種育種方法中歷史最為悠久，適合各種果樹作物。
從實生選種的歷史看，就其具體方法又可分為：原始實生選種和現代實生選種。前者在選種前不註意親本性狀，而只重視實生後代的表現，從方法論看，它缺乏必要的理論指導，盲目性、隨機性較大，方法本身簡單易行，在人類的選種歷史上功不可抹。
現代實生選種，以遺傳學理論（特別是群體遺傳學）為指導，具有較強的目的性和預測性。實質上就是通過實生繁殖選擇不同世代，使有利的遺傳性狀基因在個體中聚積，從而獲得優勢個體（或優勢個體組成的優勢群體）。果樹中最有用、最為簡單的選擇方法是：根據表現型選擇已知有利性狀的多個體作親本，讓其之間隨機交配，再在後代中選擇優良類型，這壹方法又被稱為集團選擇（Mass selection）。
從當今果樹遺傳育種觀點看，壹些長期以實生繁殖粗放管理的果樹，如核桃、板栗、山杏等，實生選育技術仍不失為壹種很有應用價值的方法。在其它果樹上，可以借用實生選種技術獲得新的種質資源。特別在壹些野生資源的利用中，可以先采集種子，然後在其播種後代中選擇有用的個體類型。當然，在未來新興野生果樹開發中，也如同人類資源利用歷史壹樣，是壹條必經之路。
2.自然突變選種
自然界中芽分生組織體細胞發生變異，變異的細胞形成變異的組織（嵌合體），由此進壹步形成芽變（變異的芽），而當變異的芽萌發成枝，直至開花結果，表現新的性狀，又稱之為枝變。人們根據這壹特性，將優良的體細胞變異體通過無性繁殖加以鞏固（如嫁接），進而傳遞擴大，形成新的無性品種，這種育種技術被稱為芽變選種。
芽變的遺傳學基礎僅限於個別基因位點發生突變，因而變異基礎較小，對於已推廣品種局部改良作用較大。如美國紅色緊湊型元帥系新品種，都是通過元帥的芽變選種得到的。
3.雜交育種
用已知性狀的不同種類作親本，通過人工控制授粉授精，獲得雜交後代，繼而選擇優良品種（或品系）的雜交育種方法，是人類育種成就的最大突破。果樹的雜交育種開始於19世紀，數百年中，該方法壹直作為育種方法的主力軍。
雜交育種的遺傳學基礎在於：壹方面可以集中父母雙方的有利基因，即利用基因重組產生的加性效應；另壹方面利用生態地理起源上距離較遠的種類（或品種）間雜交，其後代復等位基因的位點數累積，以及基因重組等產生的非加性效應。這種基因交流重組，帶來了廣闊的遺傳變異，為育種選擇帶來了充分的機會。這壹方法從資源利用的觀點看，除了用栽培品種作進壹步改良利用外，在向栽培品種導入野生近緣種的有利基因，創造抗性新類型上具有十分重要的作用。正是雜交育種方法的這種特性，使育種學家壹直持有壹種樂觀思想，即任何因品種所帶來的栽培問題，都可以通過育種方法加以解決。