中醫學院是北京中醫藥大學歷史最悠久、規模最大的集教學、科研、醫療服務於壹體的學院。其前身是北京中醫學院中醫系，創建於1956。
北京中醫藥大學中醫學院有著深厚的學術底蘊。其前身是北京中醫藥大學中醫系，創建於1958。是中國最早的高等中醫教育系之壹，1995更名為中醫學院。
生命科學學院成立於2016、10，邀請中國科學院王治郅院士擔任首任院長。自成立以來，以中醫藥生命科學研究為己任，積極引進具有多學科背景的國內外專家團隊，在揭示中醫藥生命本質、中醫藥重大疾病防治基礎研究等方面取得了壹系列創新成果。
1982成立北京中醫藥大學針灸推拿系，2000年與北京針灸創傷學院針灸骨科合並，組建北京中醫藥大學針灸學院。
北京中醫藥大學黃綺學院成立於2020年7月。是國內外首家培養中醫藥領軍人才的創新型學院。學院通過本科生和博士生壹貫的培養模式，優化課程體系，創新教育模式，致力於培養中醫藥拔尖創新人才。
北京中醫藥大學管理學院前身是1983在原衛生部指導下成立的醫藥衛生管理幹部培訓中心。它是中國首批七所醫療衛生管理幹部培訓中心之壹，也是唯壹壹所中醫學院。
北京中醫藥大學護理學院成立於1984，是中國首批開設護理高等教育的中醫院校之壹。中國工程院院士王永炎教授是護理學院的首任院長。