組織與人力資源管理部:主要負責醫院領導班子建設和幹部管理，推進醫院幹部人事制度改革；按幹部管理權限負責院領導的配備、任免、交流和培訓；負責機關和醫院的人事管理；負責醫院專業技術人員職稱的管理和改革；負責建立醫院績效考核體系，對醫院領導進行年度和任期考核；承擔醫院監事會的日常管理和服務工作，制定醫院監事會的工作制度、方案和計劃並組織實施。
改革發展部:主要負責醫院管理體制和運行機制的改革，建立法人治理結構和現代醫院管理制度；建立校長任免資格制度，推進校長職業化；負責優化資源配置，完善醫療服務體系，加強品牌建設；推進醫療、康復、護理分類管理，推進分級醫療；組織制定醫院發展規劃並組織實施；負責醫院固定資產投資的管理；負責醫院新建、擴建、遷建、改造等基本建設工作。
基礎運營部:主要負責醫院秩序、效率、環境、安全、文化、滿意度等基礎工作及醫院的運營；負責提升醫院服務質量和工作效率，實施規範化、專業化、精細化管理；組織實施預約掛號、專家門診、醫生多點執業、節假日門診等工作；負責醫院醫療糾紛和公共關系危機。
醫務護理部:主要負責院內醫療、護理、醫技的管理；組織醫院實施醫療護理技術和服務的標準和規範，加強醫療質量安全和醫療風險管理；負責醫務人員依法執業和醫師定期考核；負責醫院護理質量和服務狀況的監控和評價；負責優化醫生和護士的工作環境，維護其合法權益；組織醫院承擔公共衛生服務和突發公共衛生事件的醫療救援；參與相關行業規劃和標準的研究制定。
藥劑科:主要負責組織醫院合理安全用藥，科學管理藥品的采購、儲存和使用；負責醫院大型醫療設備的運行質量和配置以及藥品和醫療器械的集中采購；負責醫院藥品不良反應和醫療器械不良事件的監測和處理；參與相關行業規劃和標準的研究制定。
科研學科教育處:主要負責醫院人才選拔、培養等人才隊伍建設；負責醫院重點學科建設；負責醫院重大科研布局和項目申請實施；負責醫院科技成果的推廣和應用；負責醫院員工的教育和培訓；負責醫院技術、人才外援和對口支援工作。
財務與資產管理處:主要負責醫院申報部門的預決算和資產使用管理；負責機關的財務管理；負責醫院財務、資產、成本、融資、債務管理；制定重大資產決策責任追究辦法並組織實施；負責審核和監督醫院的決算和財務收支；評價醫院國有資產保值增值情況；負責醫院經濟活動的專項審計和醫院領導的經濟責任審計；指導醫院內部審計工作。
黨群部:主要負責機關、醫院黨建、宣傳、統戰、精神文明建設和工青婦工作；負責機關、醫院退休人員的管理和服務工作；負責對外交流和協調。
監察部:主要負責推進依法行政的全面工作；起草衛生方面的地方性法規和政府規章草案；承辦行政復議和應訴的相關工作；承擔本機關行政規範性文件的合法性審查和相關備案工作；組織實施本市消費環節的食品安全監督管理和衛生執法監督；組織整頓和規範醫療服務市場，組織打擊非法行醫，督辦重大違法案件。