眾創空間是壹個面向所有創業創新的群體；
企業孵化器是針對特定的服務對象，針對新成立的中小型科技企業。
2.服務方式不同。
眾創空間可以為初創期和成長期的初創企業提供金融服務、工商註冊、法律事務、補貼政策申請等便利。，幫助他們健康快速成長。
眾創空間還可以通過沙龍、訓練營、培訓、比賽等活動，促進創業者之間的交流和圈子的建立，提供場地，舉辦活動，可以方便創業者展示產品、分享想法、路演。促進創業者之間的相互幫助、相互啟發、資源共享，達到協同進步的目的，通過“聚合”產生“融合”的效果。
企業孵化器是為新成立的科技型中小企業提供物理空間和基礎設施，提供壹系列服務支持，從而降低創業者的創業風險和成本，提高創業成功率，促進科技成果轉化，培養成功的企業和創業者。
3.功能和作用不同。
眾創空間是順應創新2.0時代推動大眾創業、萬眾創新的形勢，搭建人人創業服務平臺，對於激發億萬人的創造力，培養包括大學生在內的各類青年創新人才和團隊，帶動擴大就業，打造經濟發展新“引擎”具有重要意義。
企業孵化器很好地培育了科技型中小企業的發展，為我國高新技術產業的發展提供了源源不斷的後備力量，培養了壹大批科技型企業和企業家，為經濟發展和產業結構調整做出了貢獻；它為鼓勵科技人員創業、創造新的就業機會和維護社會穩定做出了貢獻。
擴展數據:
企業孵化器的主要功能是:
中國第壹個孵化器專業博士顏振軍認為，創業孵化器可以節省時間，少走彎路，創造創業者的集聚效應，提高創業成功率。
廈門大學博士認為，孵化器“通過為初創企業提供產學研空間和基礎設施服務，降低創業成本，提高效率；連接風險投資機構和初創企業，以減少它們之間的信息不對稱；提供壹個合理分擔創業者創業成本和創業風險的工具。"
根據美國國家孵化器協會的研究數據，成功孵化器的服務項目包括:網絡支持；互聯網或信息技術服務；咨詢；聯系戰略合作夥伴；幫助獲得天使投資或風險投資的商業計劃支持；聯系大學研發機構；幫助靠譜的同學實習或者找工作；管理團隊發展；財務管理支持；知識產權支持；法律服務；提供專業的實驗設施；
參考資料:
百度百科-企業孵化器的作用