第壹，權力結構失衡導致太平天國內部矛盾嚴重。
在起義之初，太平軍的首領是以兄弟情誼和宗教信仰聯系在壹起的，所以在戰爭初期有很強的凝聚力。定都天京後，東方之王楊企圖從政教上奪取最高權力，連洪秀全都受到他的威脅。造成這種局面的根本原因是源於太平天國原有的由宗教和政治構成的權力體系。
太平天國定都天京後，最高指揮機構其實是東宮，行使政治和軍事指揮權。洪秀全作為最高領袖，沒有至高無上的權力，無法建立與其領導地位相符的權威。同時，楊以下高層領導的權力和地位與楊相差太大，不可能形成有效的權力制約關系。這種權力結構的失衡導致太平天國內部矛盾嚴重，最終愈演愈烈。
第二，洪秀全的皇位受到威脅。
楊的政治野心和以權謀私非常嚴重。“東王驕橫，不知避之。”。楊的獨斷專行越來越厲害了。不僅洪秀全對其不滿，還產生了很多敵對勢力。最高領導層的權力鬥爭逐漸加深，甚至洪秀全的寶座也受到威脅。
第三，內鬥導致太平天國中央權力指揮系統的衰弱。
魏長輝不僅殺了楊，還牽連了任何與楊有關系的人並對他進行了屠殺。然後魏長輝被殺，石達開被迫率軍遠征。太平軍領導層的權力鬥爭導致了太平天國中央權力指揮系統的衰弱。
此後，太平天國中央機關政令不暢，太平軍成為地方將領的私人力量，將領之間產生隔閡，直接導致部分太平軍將領被迫投降清軍。
第四，太平天國內鬥的根源
明爭暗鬥表現為自相殘殺和自我毀滅，但其根源在於人性的狹隘和道德的自私。如果不同的個體從自己的角度出發，就會產生不壹致的價值理解和價值要求。壹旦自身利益得不到滿足或自身利益與整體利益不協調，當事人就會在思想或行為上表現出不滿，做出有損整體利益的事情。