壹是績效指標設置不準確。很多企業制定的業績指標無法指向戰略，最終考核結果也沒有達到企業的預期目標。管理者經常需要動態調整績效指標。比如企業當期制定擴張戰略，那麽績效考核指標就要圍繞擴張戰略來設置；如果目前的戰略是穩定發展，那麽指標應該調整為有利於穩定發展的考核指標。每個單位在不同的發展階段，績效考核指標會有所不同，所以對人力資源經理的能力要求很高。這是目前的壹個瓶頸。
二是績效管理的信息化基礎不好。目前很多企業在做績效考核時認為定性考核會比較客觀，往往希望采用定量考核。有了量化考核，數據的提取和收集將成為考核的重點和難點。在這種情況下，如果信息化管理基礎不好、不紮實，那麽量化考核會大大增加企業的管理成本，有時數據收集不及時、不準確，考核結果甚至會是壹場災難。
第三，績效考核結果難以保證公平公正。比如，壹些單位會在年底的績效考核中使用360度評價工具，近視效應、善良、手緊等人為因素使得考核結果難以保證公平公正。比如有的領導看到大家都好，就傾向於打高分；有的領導覺得大家都有毛病，總習慣低分。
信息化是有效解決國有企業績效管理中各種問題的最有效手段。專業人力資源軟件廠商北京宏景世紀軟件有限公司認為，現階段企業的績效管理已經突破了“通過績效考核傳遞績效壓力，完成獎金分配”的簡單考核階段，跨越了“基於企業戰略層層分解戰略目標”的經營績效管理階段，開始上升到“輔助工作改進和績效提升，激勵員工持續改進，最終實現組織戰略目標”的階段。如果仍然沿用傳統的手工管理方式，對全體員工的績效管理不僅是壹項耗時耗力的工程，而且流於形式，會適得其反，導致考核不公。