當時，由於羅馬帝國的衰落，教會成為歐洲最大的權力中心。權力帶來的腐敗使基督教逐漸偏離了最初的教義，教會在社會道德中的地位壹落千丈。正是在這種情況下，聖方濟各走上了傳教之路。為了糾正和改革當時的教會風氣，他開始創造並嚴格遵守貧窮和苦修的戒律，模仿耶穌在物質條件惡劣的情況下砍穿荊棘傳播教義的做法，試圖將誤入歧途的基督教會拉回其初始階段的正確道路。他曾煞費苦心地在全城乞求石頭，並修復了兩座教堂，聖多米安教堂和聖瑪麗天使教堂。他的做法引起了巨大反響，聖方濟各教派的狂熱成為中世紀以來基督教中的壹股清流，令其他改革者紛紛效仿。後來的聖多米尼克教派、聖本篤教派等。都逐漸完善了基督教。正因為如此，聖方濟各在基督教發展史上有著非常重要的地位。在許多宗教繪畫中，聖方濟各身穿棕色長袍，腰間系著白色棉繩，地中海式光頭，瘦臉帶著慈悲的神情，手掌、腳底和胸前有類似耶穌受難的標記，是陪伴耶穌或聖母瑪利亞的必備人物之壹。
10月3日星期六晚上，聖方濟各因病去世。彌留之際，他脫下長袍，壹絲不掛地躺在地上，身上只披著借來的衣服，表明他與這個世界斷絕了最後的聯系。第二天，人們帶著他的遺體遊行，將他安葬在聖喬治教堂。1228年，教皇格裏高利九世在聖喬治教堂封他為聖徒，並為現在的聖方濟各教堂奠定了基石。兩年後，聖方濟各的遺體被秘密埋葬在這座簡陋教堂的地下室裏。這是阿西西城外的“地獄山”，他謙卑地請求，死後埋葬。