1.制定的主體不同。HS是由世界海關組織制定的；HTS海關編碼由各國海關制定。
2.位數不壹樣。HS只有6位數；HTS不壹樣，國內是10。
3.使用範圍不同。HS只是指導和協調，所以叫和諧系統。海關使用海關編碼來管理實際的進出口業務。但在實踐中，各國海關都是以HS為基礎，根據WCO的相關原則確定自己的海關編碼。所以，在壹定範圍內，尤其是在大多數操作中，兩者的稱呼是相等的。
擴展數據HS編碼根據具有不同HS編碼的貨物實施不同的監管、關稅和增值稅征收。HTS是在HS的基礎上建立起來的，是世界海關組織在1989年6月和1年6月制定的壹個包羅萬象的物品海關編碼，其中商品編碼有4位或6位，然後各國根據這個編碼制定詳細的編碼，如8位和16位。
中國海關自1992起采用該系統，並以此為基礎，結合中國進出口貨物的實際情況，編制了《中華人民共和國進出口稅則》和《中華人民共和國統計商品目錄》。協調制度在國際貿易、貿易統計、國際運輸、國際貿易談判和經濟分析中發揮著越來越重要的作用。
根據現行海關法，確定商品編碼是進出口貨物收發貨人的法定義務。因此，作為進出口貨物的收發貨人，我們可以查閱《中華人民共和國進出口稅則》和《中國海關進出口稅則》、《報關實務手冊》、《進出口稅則商品和項目註釋》等工具書。
根據《稅則》規定的目錄規定和總歸類規則、類目註釋、章註釋、子目註釋及其他歸類註釋，將申報的進出口貨物歸入商品，並歸入相應的稅則號；也可以根據《中華人民共和國進出口商品歸類管理條例》的要求，向進出口地海關(含直屬海關)申請商品預歸類。
參考資料:
百度百科-HTS，百度百科-HS編碼