然而，我國社會組織的整體狀況並不樂觀，存在的問題主要有:壹是組織擁有的資源不足，主要表現為經費不足，辦公場所有限；二是缺乏自主性，相當壹部分社會組織仍帶有濃厚的官方色彩，制度化、行政化傾向嚴重；第三，社會組織發展不平衡。商會、律師協會、會計師協會組織化程度高，而農民工、農民等弱勢群體組織化程度嚴重低下。四是現有社會組織受資源限制，日常活動和公益活動普遍較少，導致社會組織服務能力較弱，遠不能滿足現代市場經濟發展和社會結構轉型的需要；五是社會組織運行管理不規範，透明度不夠。
隨著社會主義市場經濟、工業化、城鎮化、信息化和全球化的發展，社會結構和社會利益發生了顯著變化，各種利益矛盾凸顯。如何控制利益多元化的社會，如何處理各種社會利益關系，成為需要解決的關鍵問題。黨和政府要充分認識社會組織在社會經濟領域的重要作用，積極培育和發展社會組織，推進社會管理創新，提高社會自治水平。
把社會組織發展納入國民經濟和社會發展總體規劃，切實把促進社會組織發展納入總體布局，努力在經濟、教育、科學、衛生、文化、民政、體育、環境、人口等事業專項規劃中突出社會組織內容，把充分發揮社會組織作用作為實現規劃目標的重要保障措施，真正發揮社會組織在促進經濟社會發展中的作用。
盡快建立健全地方社會組織相關法律法規，為社會組織健康發展創造良好的法制環境。政府有責任為社會組織的發展和規範創造良好的法律和政策環境，為社會組織的發展提供基本的法律規則和保障，徹底扭轉將社會組織作為行政機關或事業單位管理的傳統做法，變政府對權力管理的依賴為規範和推進包括事業單位改革和社區管理體制改革在內的社會組織管理體制改革，使社會組織的運行和管理盡快走上法制化軌道。
建立有利於社會組織發展的科學規範的管理制度，為社會組織發展構建寬松良好的發展環境。
引導社會組織建立自律機制，提高自主性。依法建立健全規章制度，完善治理結構，通過完善理事會制度、民主機制、參與機制，從制度上保證社會組織的自律。建立獨立嚴格的社會組織財務制度。堅持社會組織公開開放，完善社會組織外部監督機制，幫助社會組織重建社會公信力。