1.承認多樣性，強調靈活性、漸進性和開放性；
2.遵循相互尊重、平等互利、協商壹致、自願的原則。
3.將單邊行動與集體行動相結合，在集體目標的指導下，APEC成員可以根據各自不同的經濟發展水平和承受能力，平衡各自不同的權利和訴求。
從APEC的性質來說，它是成員之間的經濟合作體，即各成員就符合自身和地區利益的活動進行協商和合作，並從促進地區市場開放和促進地區經濟發展中獲益。APEC不搞獨立封閉的區域市場，奉行“開放的區域主義”，即不搞內部有優惠保護的區域集團。
所以從目前的發展來看，APEC有著明顯不同於其他區域組織的特點。在活動方式上，確立了自願參與和協商的原則，但其活動的內容和範圍是超越區域的，它試圖以獨特的方式實現區域合作與發展的目標。
APEC有兩個輪子:壹個是推動貿易和投資活動的自由化和便利化；二是開展經濟技術合作。兩個輪子是壹個相對穩定的結構，只有壹起轉動才能前進。APEC的運作不是靠談判或規則，而是靠倡導和協商，采取“自主參與、集體協商和* * *共同承諾”的模式。
亞太經合組織不是嚴格意義上的區域組織，因此我們不能指望亞太經合組織像壹個正式的區域組織那樣在管理區域經濟發展和合作事務方面發揮重大作用。它的靈活性是壹個很大的優點，但也是壹個缺點，因為它在推廣功能上有很大的“彈性”。情況順利的時候，推動起來容易且明顯，情況不順利的時候，可能很難起到推動的作用，效果可能很小。
APEC建立了壹套運行機制。首先，APEC以設定目標為動力。西雅圖會議勾畫了亞太地區貿易投資自由化的藍圖，茂物會議確定了2020年前區域貿易投資自由化的目標(發達經濟體2010)。APEC制定了實現這壹目標的行動議程，通過單邊行動(單邊行動計劃)和集體行動來實施。第二，APEC有制度化的議事和決策機制。在組織死亡的情況下，APEC依靠其成員作為東道主的積極承諾，由主持會議的成員經濟體負責規劃、推動和主辦當年舉行的各種會議。事實上，在決策機制方面，已經形成了定期的高官會和部長會以及年度非正式首腦會議。當然，這樣的機制還不完善，還有很多方面需要完善和補充。第三，APEC發展了壹套職能機構，如秘書處、委員會、工作組等。當然，這些機構並不像真正的區域和國際組織那樣擁有大量的專職人員，行使實際的管理職能，但它們肩負著壹定的管理、協調、研究分析和組織職能，如經濟委員會和投資貿易委員會，它們在組織經濟分析和預測、協調和組織貿易和投資自由化議程方面發揮著重要作用。
APEC的組織和議程是發展變化的，具有“增量”的特點。比如部長級會議，除了外長和貿易部長會議，現在已經擴大到教育、環境、人力資源、科技和財政部長會議，討論的議題範圍也大大增加。為了加強對行動議程的監督和推動，APEC增加了修訂和評估機制，如對單邊行動計劃進行滾動修訂，對行動議程執行情況進行評估等。當然，盡管如此，APEC也不會發展成為壹個正式的、具有實際管理職能的區域性組織，它將繼續保持以協商與合作為基礎的區域性論壇的性質。