1.1藥材來源不規範。中醫講究“正宗”藥材。即使是同壹品種，其產地不同、采收期不同、種植方式不同、加工方法不同，都會影響藥材的質量和功效。目前壹些中藥材沒有集中的產地，大多分散在種植、采集和加工環節。壹些中藥的安全性、質量可控性、重現性和有效性仍缺乏完整可靠的科學數據，應引起高度重視。中藥質量標準不規範，有待加強。中藥資源的保護和可持續發展已成為擺在我們面前的重要課題，因此有關部門提出了加強GAP實施的課題。此外，中成藥命名不規範，要著力解決同名中成藥地方標準、同名不同方、同品種問題。同時，控制中藥重金屬含量、去除農藥殘留等問題也亟待解決。
1.2低技術含量產品中藥在我國藥品進出口中占有壹定份額，而中藥材、初級加工標準提取物等粗制品在中藥出口中占有較大比重。據2000年海關統計，中國醫藥進出口創歷史最高水平，全年進出口總額達64億美元，出口38億美元，進口26億美元。同期中國中藥進出口總額為8.73億美元，其中出口415萬美元，進口4.58億美元，即中藥進口已經大於出口4300萬美元。從中藥出口結構看，純中藥出口2.67億美元，占比64.3%，其余為中成藥或提取物。中藥出口占中藥出口的2/3，反映出我們出口的中藥產品科技含量低，而進口的“洋中藥”多為價格昂貴的中成藥，應該引起我們的重視和反思。
1.3中藥出口混亂多頭。由於利益驅動的影響和外貿權的下放，中國的出口是碎片化、多渠道的，壹些外商甚至直接來中國搶占藥源。因為大家都出口中藥材或者標準提取物到國外，相互之間存在惡性競爭。到頭來，吃虧的還是我們自己。據報道，銀杏葉的標準提取物在1997非常受歡迎，價格為每公斤300美元。僅在2000年的三四年間，價格就大幅下跌至每公斤30美元。受提取物價格下降的影響，每公斤銀杏葉價格也從1996年的1.995 ~ 1.6元下降到5元左右的1.999，比較效益大幅下降，給我國銀杏集中種植區的農戶和加工廠造成了很大的經濟損失，部分農戶忍痛砍樹。本來我們在銀杏葉提取物出口上有優勢，供不應求。但現在是我們戰勝了自己。自降價格扼殺了民族制藥業，向外國投資者投降。
1.4傳統劑型有待改進提高中醫藥學術水平的防病能力，這是中醫藥發展的基礎。中藥是世界上為數不多的在知識產權上領先世界的產品。近年來，天然藥物因其副作用小、價格低廉、療效可靠、耐藥性低等優點逐漸受到人們的重視，而我們的丸劑、散劑、膏劑、丸劑等劑型和質量標準卻跟不上形勢。好藥好療效還需要好的包裝和宣傳，中醫藥與世界接軌還存在壹些問題。我國原料來源的不同，植物原料所含成分的不同，使得中藥產品的質量標準和質量控制面臨巨大挑戰。另外，由於中西文化差異，中醫用亞洲古代哲學來解釋中醫的理論和療效，但西方人很難理解和接受，就像電影《刮痧》中介紹的例子就很有代表性。應“繼承中醫理論，充分發揮其作用”，並註意改進傳統劑型。