日本法律明確規定，食品安全的行政主管部門是農林水產省和厚生勞動省。農林水產省主要負責鮮活農產品及其粗加工品的安全，重點是這些農產品的生產和加工階段；厚生勞動省負責其他食品和進口食品的安全，重點是這些食品的進口和流通階段。根據新《食品衛生法》修正案，日本於2006年5月正式實施肯定列表制度，即禁止未設定最大殘留限量標準、含量超過統壹標準的含有農藥的食品流通。日本建立了完善的農產品質量安全檢驗監管體系。全國有48個地(縣)市，有58個食品質量檢驗機構，負責農產品和食品的監測、鑒定和評估，以及各級政府委托的市場準入和市場監督檢查。日本農林水產省消費者技術服務中心下設7個分中心，負責農產品質量安全的調查分析，受理消費者投訴，處理有機食品認證和認證產品的監督管理工作。消費技術服務中心與當地農業服務機構保持密切聯系，收集相關信息並接受監督指導，形成了從農田到餐桌的農產品質量安全多層次檢驗監管體系。
近年來，日本食品安全危機頻發。特別是2001日本發生瘋牛病後，發現全國農協等人惡意欺騙消費者，用虛假標簽將進口肉冒充國產肉，打破了日本食品的“安全神話”，讓人們對各種可能從食品傳染給人的疾病產生恐慌。2003年7月1日，日本內閣府食品安全委員會經過長期醞釀，終於正式成立。由此，日本政府在食品安全上的職能分工發生了重大變化。其主要職責是開展食品安全風險評估。負責組織或接受農業省、水利省、衛生福利省等負責食品安全風險具體管理的部門(以下簡稱風險管理部門)的咨詢，通過科學分析對食品安全進行檢查和風險評估。根據風險評估結果，要求風險管理部門采取應對措施並監督實施。此外，以委員會為核心，建立相關政府機構、消費者和生產者廣泛參與的風險信息溝通機制，對風險信息溝通進行綜合管理。
日本內閣府食品安全委員會是最高決策機構，由7名成員組成，均為民間專家。經國民議會批準，他們由總理任命，任期三年。專案組將由200名專案組成員(含兼職)組成，均為民間專家，任期三年。專項調查將分為三個評價專家組:①化學物質評價組。負責評估食品添加劑、農藥、獸用藥物、器皿和容器包裝、化學品、汙染物等。②生物評估組。負責評估微生物、病毒、黴菌和天然毒素。③新食品評價組。負責轉基因食品、飼料肥料、新開發食品等的風險評估。
2.日本食品安全法律體系
日本的食品安全法律法規體系由基本法律和壹系列專業和專門的法律法規組成。《食品衛生法》和《食品安全基本法》是兩部基本法。《食品衛生法》頒布於1948，曾多次修訂，最近壹次修訂是在2003年5月。這部法律是日本控制食品質量、安全和衛生的最重要法典，對所有食品都有極其詳細的規定，包括食品、食品添加劑、天然香料、設施設備(農業和水產養殖業除外)、食品包裝容器等。法律禁止銷售含有有毒有害物質的食品，或者不符合現行生產和配料儲存標準的食品，以及不符合法律規定的規格和標準的設備和包裝容器。日本於2003年頒布了《食品安全基本法》。該法確立了“消費者第壹”、“科學風險評估”、“從農場到餐桌全程監控”的食品安全理念，要求從國內外進口的食品供應鏈各環節食品安全，並允許預防性進口禁運。
在日本，有很多與食品安全相關的專業的、專門的法律法規，包括食品質量衛生、農產品質量、投入品(農藥、獸藥、飼料添加劑等。)質量、動物防疫、植物保護。學習點