到了鐮倉幕府時期(1192~1333)和室町幕府時期(1338~1573)，奈良模仿中國宋式的“神道式”建築風格與“和式建築”壹起傳遍了世界各地，到了奈良時期，粗糙的構件減少了，柱子越來越細，橫梁成為不可或缺的構件，天花板還出現了適合武士和僧侶生活需要的“書院建築”，即在客廳旁邊另設書房。16世紀以後，佛教寺廟不再是主要的建築活動，公館和塔成為主要類型。在諸侯周圍，出現了修建城堡和瞭望塔的風氣——“天守閣”。這是壹種木結構的高閣，既有防禦的實用目的，又有政治展示和威懾的手段。有著名的天壽亭，如克山、姬路、松本、熊本、名古屋。江戶初(1615)頒布禁令，限制建城，後來這種趨勢逐漸消亡。城市住宅豪宅大量興建，規模和風格因地位高低而異。此外，從中國傳入的飲茶和品茶成為貴族和武士生活中的重要內容。茶室多采用泥墻草頂和民居的落地窗，四周有墊腳石、樹木、桌凳、燈籠等。，從而成為著名的“曹安風茶室”。在住宅建築中，出現了“書院樓”和“草寺風茶室”混合風格的“發號屋”，這種風格在日本住宅建築中仍有強烈體現。
19世紀中葉後，明治天皇改革，日本建築轉向接受西方影響，進入近代建築時期。
神社是供奉日本神道教、氏族祖先和英雄的建築。神社壹直都是每隔壹段時間就重建壹次，這就是所謂的“替換”制度。早期的神社比較簡陋，木墻，架空下部，雙坡木架草頂，沒有色彩和雕刻。壹個叫“大正”，以島根縣的出雲大正為代表。另壹種叫“神作”，以伊勢神宮為代表。伊勢神宮位於三重縣，傳說可以追溯到古代。明治以後的皇帝，登基時都去參拜。它的更換系統是20年壹次。神宮由內宮和外宮組成。正殿位於內宮中央，是日本古建築的業態之壹“神造”的典型。