1.核酸提取
使用商用試劑或設備，如矽膠柱離心法、磁性矽膠顆粒分離法和自動化儀器，並按照說明書進行操作。提取RNA時要註意防止RNA降解。DNA應保存在-20℃，RNA和長期DNA應保存在-80℃。
2.逆轉錄合成cDNA
逆轉錄cDNA合成反應需要使用逆轉錄引物、dNTPs、逆轉錄酶、RNA酶抑制劑、DTT、緩沖液、適量無RNA/DNase的超純水和RNA模板。逆轉錄反應在特定的溫度和時間下，在擴增儀或水浴箱中進行。建議使用商用RT-PCR壹步法試劑進行首輪擴增反應。逆轉錄cDNA合成反應需要使用逆轉錄引物、dNTPs、逆轉錄酶、RNA酶抑制劑、DTT、緩沖液、適量無RNA/DNase的超純水和RNA模板。逆轉錄反應在特定的溫度和時間下，在擴增儀或水浴箱中進行。使用商業RT-PCR壹步法試劑進行第壹輪擴增反應。
3.PCR擴增反應(使用二次擴增的巢式PCR擴增方法)
PCR反應需要引物、dNTPs、DNA聚合酶(如Taq酶等。)、緩沖液、適量不含RNA/DNA酶的超純水、模板(DNA或cDNA)。在放大器中，根據設定的程序進行放大。采用二次擴增的巢式PCR擴增方法。
4.擴增產物的定性分析
擴增產物常用的分析方法是瓊脂糖凝膠電泳，與分子量標準比較，判斷擴增片段是否在預期的分子量範圍內。其他擴增產物分析方法包括限制性酶消化分析、特異性探針雜交分析和DNA序列分析。自動核酸擴增儀采用酶聯比色分析或熒光探針雜交來測定。
5.結果確定和完成報告
(1)實驗成立條件:每次試驗應同時做兩個陽性對照和兩個陰性對照。只有當陽性對照擴增出預期片段，陰性對照沒有擴增出片段，兩個平行樣本的結果壹致時，實驗才能成立，才能做出核酸陽性或陰性反應結果的判斷。
(2)HIV核酸檢測陽性:如發現核酸陽性反應，應反復采集標本進行復檢；如果復檢結果為陽性，則判定為核酸陽性；如果復檢結果為陰性，則判定為不確定結果，需要進壹步跟蹤檢測。
(3)HIV核酸檢測陰性:只有這個實驗結果才能報陰性。
(4)測試報告應在測試完成後5個工作日內出具。