但需要指出的是，有些專性寄生真菌，如白粉病、銹菌、病毒和擬桿菌原蟲，目前還不能在人工培養基中分離培養，因此不能用壹般的分離培養方法對其進行檢驗。由於檢驗的目的不同，方法也不同，常用以下五種方法:(1)要隔離潛伏在種子表面或深層的病菌，可先將種子表面消毒，用無菌水洗凈，整粒或破碎後置於培養基上。
(2)如果要確定病原體的潛伏位置，可將種子表面消毒，用無菌水沖洗，將種子放入已滅菌的培養皿中，用已滅菌的手術刀分成不同部分，移植到培養基上，或先將種子按不同部分分成小塊再消毒表面進行培養。
(3)主要了解種子外部附著的菌群時，應先用無菌水沖洗，然後將洗滌液稀釋到壹定程度，再采用稀釋法進行培養。
(4)將種子用無菌水洗凈後，直接放在培養基上培養，觀察病原菌種類及其菌落，同時觀察種子的發芽率和感病性。
(5)分離塊莖、塊根、幼苗、接穗等繁殖材料攜帶的病菌時，可先用酒精或氯化汞溶液對患病部位進行表面消毒，清洗後再選取內部組織進行培養，或切取與健康組織相鄰的部分患病部位進行表面消毒清洗，再進行培養。
不同的病原菌使用不同的培養基、分離方法和培養條件，因其材質不同，必須在不同的地方使用。對於還沒有成熟分離方法的細菌，需要反復研究找到最適合的培養基、合適的分離方法和培養條件。通過分離和培養獲得的病原體應通過必要的步驟進行鑒定。某些具有典型特征的病原菌，可通過顯微鏡檢查其形態特征來確定；有些病原菌需要結合其培養特征、生理生化反應進行鑒定(如各種植物病原菌的鑒定)；有些疾病需要按照“羅伯特·科赫定律”的程序進行接種和鑒定。