水是魚生存的環境。較好的水質可以減少魚病的發生，更有利於魚類的生長和存活。在實際生產中，往往可以通過水的顏色、氨氮含量和沈積物顏色的變化來判斷水質的好壞。
1.紅水池的水變紅主要是由甲藻或金藻成為優勢種群引起的，通常並不嚴重。但壹旦天氣突變，導致藻類大量死亡，就會產生毒素，導致水體惡化，甚至直接導致魚類中毒死亡。所以壹旦池水變紅，壹定要及時改善。天氣晴朗時，先用四健或季銨鹽碘噴灑消毒，第二天再用分子氧和強氯精噴灑1次，三天後根據情況追肥1次。
2.黑水黑當池塘水呈黑色時，說明池塘中的許多有機物沒有得到及時轉化，如殘餌、動物殘體、排泄物、池底腐殖質等。這些物質腐敗後，消耗大量溶解氧，容易產生硫化氫、氨氮、亞硝酸鹽等有害物質。，危害水生動物健康，降低免疫力，導致病原微生物感染，甚至造成魚類泛濫。壹旦發現這種黑水，從第1天到第二天，施用二氧化氯等含氯藥物1次，氧化過多的有機物。3天後用好旺農水產的em菌液在全塘噴灑1次。
3.白色渾濁水當池塘水呈白色渾濁時，說明池塘中有機耗氧物質過多。相對而言，將大型有機物分解為營養物質的微生物較少，導致浮遊植物因營養物質缺乏而大量死亡，從而破壞了池塘中的物質循環，使池塘水接近老化，嚴重缺氧。壹般這個池塘的魚在日出前的黎明到破曉容易浮頭。當發現池水呈白色渾濁時，在第1天應用“水寶好氧袋”，使有機物在絮凝後得到及時氧化。第二天對整個池塘施用旺農水產em菌液1次，增加池塘內活性微生物，促進水體物質循環。
4.氨氮含量高的水投餵高蛋白飼料、冷鮮肉或以活魚為食的精養魚池，如蟹池、蝦池、烏鱧池、鱖魚池等。如果在平時的養殖管理中投入更多的高蛋白餌料，代謝產物中的氨氮含量會過高，影響水產動物的攝食生長，降低其免疫力，容易引起寄生蟲或病原微生物的感染。因此，在高蛋白飼料、冷鮮肉或活魚的精養池塘中，每隔18天至15天施用1倍的旺農水產em菌，及時降解氨氮。如果通過水質檢測發現池塘水中氨氮含量嚴重超標，應及時對池塘施用旺農水產em菌，第三天噴灑旺農水產em菌液1次，以增加池塘中的活性微生物，促進浮遊生物的繁殖生長，增強水體的物質循環能力。
5.由於池水中的腐殖質沈積，動物殘體、餌料、糞便沈入池底後分解，使池塘底泥發黑發臭，從而容易產生甲烷、硫化氫、亞硝酸鹽等有害物質，容易對生活在中低層的水生動物造成威脅，如鯽魚、草魚、青魚、蟹、蝦、鱖魚等。情況嚴重時，池塘中、下層的水生動物往往漂浮在中、上層，不願意去正常生活的水層。如果出現上述情況，每隔10天至15天，應施用好旺農水產em菌1次，以增加有益微生物，加速沈積在池底的有機物或腐殖質的轉化，避免底泥變黑發臭和甲烷、硫化氫、亞硝酸鹽等有害物質的產生。發現池塘底泥發黑，水發臭，應立即換水。換水後要用旺農水產的em菌濺池調節水質。