傳統電子商務和跨境電商有關稅區交易主體、支付體系、物流運輸時間和成本等三方面不同。
1、關稅區交易主體不同：
與傳統國內電子商務相比，跨境電子商務在進出口貿易中面臨著復雜多變的海關手續和貿易政策。如：進出口關稅、報關、檢驗檢疫等。
2、支付體系不同
國內傳統電子商務支付結算系統成熟，主要采用網上銀行支付和支付寶、微信等三方支付方式，方便快捷，成本低，周期短（15天以上）。跨境電子商務支付體系相對不成熟，尤其是B2B大型貿易支付。國際支付工具支付的交易金額超過3%至5%。存在匯率風險，還款周期可長達1-6個月。跨境電子商務賣家面臨巨大的財務壓力。
3、物流運輸時間和成本不同
傳統國內電子商務運輸快，因為我國物流系統得到了高度發展。跨境電子商務成本高，服務水平低，損失率高。有的時限往往超過15-30天。與國內5元3公斤以上的大型電子商務企業相比，跨境電子商務物流成本往往以G為單位，遠高於國內快遞成本。物流成本高於貨物本身的價值。此外，由於國際物流的復雜性和壹些國家物流體系的高度不發達，國際快遞的損失也很常見。