未來發酵乳制品的發展趨勢是低脂、無脂和降脂的功能性和營養強化型乳制品，因此我國今後的發酵乳制品研發方向應在功能性和營養性上下功夫，如大力研發雙歧桿菌發酵乳制品。醫學界普遍認為，通過雙歧桿菌發酵乳制品來調節人體消化道的功能，是發展功能性食品中最重要最有前景的部分。在歐洲，雙歧桿菌制品也是發酵乳制品中發展最快的部分，但在我國，產品生產量和市場占有率都有待大力發展。另外，應加快高新生物技術在發酵乳制品生產中的應用，例如通過加入脂質體包裹的酶類、基因工程修飾的乳酸菌來加速幹酪的成熟，縮短幹酪的成熟時間。
隨著社會的進步和現代“文明病”出現，人們越來越追求健康和長壽，對生命的重視使得能延年益壽、健康成長的特殊食品成為當今和未來食品研究及食品生產行業關註的熱點。發酵乳制品便成為具有增強機體免疫力、調節機體生理、預防疾病、促進健康的壹種功能性食品。發酵乳制品具有輝煌的前景，有待於進壹步開發，在今後的幾十年裏將具有更大的生命力。