1、兩者均以糾正市場失靈為根本出發點。
2、都具有明顯的定向性和結構性特征。但二者也存在差異。
3、政策目標不同，非常規貨幣政策是為了維持金融穩定和經濟增長。結構性貨幣政策則是為了優化經濟結構。
4、政策背景不同，發達國家提出非常規貨幣政策工具時，傳統貨幣政策工具由於零利率下限約束而缺乏操作空間。我國推出結構性貨幣政策工具時傳統貨幣政策工具仍有較大空間。
5、操作手段不同，非常規貨幣政策的目標是壓低中長期利率，主要通過資產購買等手段降低社會融資成本。結構性貨幣政策的操作手段主要是提供短期流動性支持。
6、對中央銀行的影響不同，非常規貨幣政策導致中央銀行資產負債表規模急劇膨脹。結構性貨幣政策不涉及大規模資產購買，不會將中央銀行暴露在嚴重的違約和市場風險中。