運河通，書院興
山東是儒家文化的起源地，也是古代文化教育事業最發達的區域，歷代書院興盛便是明證之壹。元代以後，山東境內書院數量有明顯增加，好多著名書院如洙泗書院、泰山書院、尼山書院等，大都在運河流域。明朝中期以後山東書院發展更為迅速，新建書院達八十七所，修復前代書院九所，其中有四十二所在運河流經的區域。明朝後期，魯西地區書院紛紛建立，正是運河交通帶動文化交流和社會進步的突出表現。據統計，清代山東書院達213所，有86所分布在沿運河地區。書院數量多，既是運河區域經濟文化發展的結果，也是文化興盛的表現。
談起產生於運河區域的文學特別是小說，人們首先會想到《金瓶梅》。其作者“蘭陵笑笑生”到底是誰，學界目前已考證出百人之多，但究竟是誰，仍舊莫衷壹是。不過所論及的作者絕大多數出生或生活在運河區域這壹點是肯定的。《金瓶梅》內容更是與運河密切相關:書中展示了臨清城市的繁華可與當時其他書籍相印證；七八十處對臨清景物的描摹，在臨清地方誌中大都可以找到真實的記述；特別是對臨清鈔關、娛樂業、服務業、運輸業的描繪，更說明作者對臨清有全面深入的了解。通俗小說是市民文學的重要組成部分，而市民文學興起的先決條件是城市工商業繁榮，市民階層力量的壯大。明清運河暢通，推動了城市經濟發展，通俗小說的出現適應了這樣的需求，而《金瓶梅》顯然是其中的代表。
運河帶來民間信仰多元化
明朝開始，佛教和道教在山東呈現出由盛轉衰的趨勢，並逐漸向世俗化方向轉變，而雜糅三教教義的民間宗教蓬勃發展。隨著大運河區域南北文化交流融會逐日增強，許多異地神祗開始在山東運河區域傳播，融入了本地社會生活，使這個區域的民間宗教和民間信仰出現多元化特點。
明代以前，山東地區的民間宗教以白蓮教、彌勒教及摩尼教為主。明代中期新教派開始出現，它們在教義、組織、儀式等方面都與此前的教派有明顯差異。成化年間，“無為教”在山東運河區域廣泛傳播，進入清代，各種名目的教派層出疊見，八卦教、清水教、天理教、離卦教、圓頓教、在理教、羅教、弘陽教、聞香教等等都在這個區域出現。明朝以前山東運河區域的民間信仰，除官府提倡的城隍、土地諸神之外，還有東嶽大帝和碧霞元君信仰。明朝大運河貫通後，民間信仰的對象，有水神、行業神、自然神，還有聖賢神，數量與日俱增。其中以金龍四大王為代表的水神崇拜和關公信仰最為普遍，成為明清時期山東運河區域十分突出的社會文化現象。
蘇祿王墓見證中外交流
明成祖建都北京後，鼓勵海外國家來京朝貢。這時，京杭運河全線暢通，前來朝貢的諸國使者，大都從東南沿海登陸，沿運河乘船北上，到達北京。在山東運河沿線，常年可見東南亞各國朝貢的船只靠岸銷貨購物，各運河城市也都有東南亞各國的香料特產出售。
在大運河岸邊的德州市郊，有壹座明代外國國王的陵墓——蘇祿王墓，它是明清時期東南亞國家使團沿大運河往來的見證。蘇祿國位於菲律賓南部的蘇祿群島，永樂十五年(1417)八月，蘇祿國三王率領家屬、隨從三百四十余人來北京朝貢。九月，使團沿運河南下回國。行至德州，東王病逝。明成祖聞訊，賜謚號“恭定”，按諸侯王葬制為其修建陵墓。按照中國禮俗，明成祖讓蘇祿東王的長子回國繼承王位，次子安都祿、三子溫哈刺及王妃、隨從等十余人留在德州，守墓三年。
三年過後，蘇祿王的兩個兒子及王妃等不願離去，後獲準定居德州，長期為蘇祿王守墓。他們死後也都葬在了蘇祿王墳墓旁。按照中國的姓氏習俗，安都祿的後裔改姓安，溫哈刺的後裔改姓溫，蘇祿王陵墓附近逐漸形成了安、溫二姓居住的村莊。
明代日本與中國間的朝貢貿易很發達，這種貿易要經過朝廷批準，發給許可證明“勘合金牌”，所以也稱勘合貿易。據《漂海錄》記載，弘治年間，崔溥等人從寧波沿運河乘船北上，路過濟寧以南的魯橋鎮時，岸邊民眾誤認為他們是日本人，所以用日本語向他們打招呼。可見當時來往於山東運河沿線的日本人甚多。元代意大利著名旅行家馬可·波羅曾經從北京出發沿大運河南下，在他的“遊記”中，記錄了很多山東運河沿線城市及運河區域的風土人情。
意大利傳教士利瑪竇由南京乘船去北京，曾在山東運河區域的臨清、濟寧逗留，《利瑪竇中國劄記》中也有不少山東運河城市的記載。西方人在運河區域的活動，傳播了西方宗教和價值觀念，但同時他們也把西方先進的科學技術帶到了這裏，客觀上對運河區域與西方的經濟文化交流起到了促進作用。