巡航導彈的分類方式有很多種。比較常見的分類是以大小，飛行速度（次音速或超音速），以及距離區分。通常壹種導彈可以透過不同的平臺發射（陸基、海上或者是空載）。有的時候，空射和潛射巡航導彈會比同種類的陸基或艦上發射型要輕和小。
巡航導彈使用的導引系統種類很多，即使是同樣的導彈的次型也會使用不同的導引系統（慣性導航系統、地型匹配導航系統（TERCOM）或是衛星導航系統等）。大型導彈能夠攜帶傳統彈頭或者是核子彈頭，但是小型導彈只能使用傳統彈頭。 極音速巡航導彈以超過5馬赫的速度飛行。
代表型號：布拉莫斯II巡航導彈（印度/俄羅斯）（實驗測試達到5.26馬赫） 這些導彈的飛行速度超過音速，多半使用沖壓發動機（ramjet），射程多在100到200公裏之間或更長，導引系統則各異。
代表型號:
超音速低緯度導彈（SLAM）（請勿與平手陸基攻擊導彈（SLAM）混淆）及SM-64納瓦霍洲際巡航導彈（SM-64 Navaho）（美國）。屬於美蘇冷戰早期戰略長程巡航導彈計劃。不過，都沒有獲得采用。
P-500玄武巖超音速巡航導彈（P-500 Bazalt）（(前蘇聯/俄羅斯國）
SS-N-22日炙巡航導彈 （前蘇聯/俄羅斯）
P-800條紋巡航導彈（P-800 Oniks）（前蘇聯）
P-700花崗巖巡航導彈（P-700 Granit）（蘇聯/俄羅斯）
3M-54俱樂部巡航導彈（3M-54 Klub） （俄羅斯） 僅在終端節為超音速。
鷹擊16巡航導彈（C-101，FL-2,YJ-16） （中國）
海鷹3巡航導彈（C-301，HY-3）（中國）
鷹擊83巡航導彈（C-803，YJ-83） （中國/巴基斯坦）僅在終端節為超音速。
鷹擊85巡航導彈（C-805）（中國）
鷹擊91巡航導彈（YJ-91）（中國）
布拉摩斯巡航導彈（BrahMos）（印度/俄羅斯）
PJ-10布拉摩斯巡航導彈 （印度）
PJ-10布拉摩斯巡航導彈 （印度）
PJ-10布拉摩斯巡航導彈（印度）
雄風三型超音速反艦導彈（Hsiung Feng III，HF-3） (臺灣） 這是壹種巡航導彈的常用類型. 此種導彈通常由美國及前蘇聯開發。導彈射程超過1000公裏，時速每小時約800公裏。壹般來說此類導彈重1500公斤。它們通常可載傳統彈頭和核彈頭. 早期版本的這些導彈采用慣性導航系統。後期版本的導彈則加入地型匹配導航系統及數位影像區域比對系統（DSMAC）等裝置、提高了相當大的命中精度。大多數的21世紀型號則使用衛星導航系統。
代表型號:
AGM-86巡航導彈B （美國）
戰斧巡航導彈 （美國/英國）
Kh-55彩虹空射巡航導彈Granat （Kh-55 Granat）（前蘇聯）
DH-10東海巡航導彈（DH-10）（中國）
HN-I （中國）
HN-II （中國）
HN-III （中國）
玄武III巡航導彈C（韓國）
巴卑爾2巡航導彈 （巴基斯坦，發展中）
無畏巡航導彈（Nirbhay missile）（印度，發展中） 與上述同類導彈有同等重量、面積及速度。通常距離少於1000公裏。導引系統各異。
代表型號:
海鷹2巡航導彈（HY-2 Haiying/KD-63）（中國）
金牛座空射巡航導彈（Taurus missile） （德國/瑞典）
暴風影巡航導彈（Storm Shadow/SCALP）（英國/法國）
巴卑爾巡航導彈（Babur missile）（巴基斯坦）
雷神巡航導彈（Ra'ad ALCM）（巴基斯坦）
玄武III巡航導彈A/B（Hyunmoo IIIA/B） （韓國）
雄風二E巡航導彈（Hsiung Feng IIE）（臺灣） 這些導彈重約500公斤，射程範圍為70-300公裏。飛行速度為亞音速，導引系統通常較大型導彈簡單。實際上，巡弋這兩個字有的時候並不太適用於這壹類導彈上。通常用於反艦導彈，尤其是德國、意大利與日本這三個被禁止開發遠程巡航導彈的國家較廣泛使用短程巡航導彈。
代表型號:
Kh-35反艦導彈（Kh-35)（俄羅斯）
RBS-15導彈 （瑞典/德國）
飛魚反艦導彈（Exocet）（法國）
AGM-84導彈（Boeing Harpoon）（美國）
海軍打擊導彈（Naval Strike Missile）（挪威）
RBS-15巡航導彈 （瑞典/德國）
海鷹2巡航導彈 （中國）
鷹擊81巡航導彈（C-801）（中國）
鷹擊82巡航導彈（C-802）（中國）
鷹擊62巡航導彈（C-602）（中國）
海鷹巡航導彈（Sea Eagle missile）（英國）
雄風三型反艦導彈（Hsiung Feng II， HF-2）(臺灣）