考慮到中國的快速變遷，以及政府在經濟增長和社會發展中的核心地位，機構改革如此頻密多少是可以理解的。這樣，如何優化機構改革的路徑和方式並提升機構改革的效果，就顯得至關重要。從十三屆全國人大壹次會議通過的國務院機構改革方案來看，其中既有與歷次改革相同的方面，也凸顯了值得關註的不同之處。
首先，
機構改革是部門數量的加減法，但又高於加減法
。過去機構改革就是簡單的加減法，將壹些部門合並或裁撤，而部門內部的司局卻很少調整。特別是最近在2008年和2013年的兩輪大部門制改革，都是以精簡國務院直屬機構的數量為主要目標之壹，卻並沒有真正實現政府職能的相應轉變。這使改革後的部門結構依然鐵板壹塊，機構內部的微觀結構並沒有發生質的變化，職能轉變也是雷聲大雨點小。
這次改革的壹大亮點就是加減法並重，而非完全做“大部門制”的減法。盡管國務院組成部門和和其他機構的數量都大幅減少，除國務院辦公廳外，國務院設置組成部門26個，正部級機構減少8個，副部級機構減少7個；但新增的機構更加令人期待，特別是組建國家國際發展合作署、應急管理部、退役軍人事務部、國家移民管理局，因應了大國崛起和改進國內治理的需要，令人耳目壹新。這些新增機構的設置和凸顯，為相關領域的政府職能轉變提供了基礎，也使政府職能的對接和落實更加順暢。
其次，
這次政府機構改革特別引人註目的特點是註重細分職能的重組交叉，而非完全以機構撤並為主
。從歷次改革的情況來看，這次改革的力度不可謂不大。在自然資源部、應急管理部、科學技術部、農業農村部、國家市場監督管理總局等機構的組建和重新組建方面，這次改革打破了部委和國家局“整建制”合並的做法，而是從司局級職能交叉重組入手，為深度整合政府職能提供了條件。
十九屆三中全會通過的《中***中央關於深化黨和國家機構改革的決定》指出：“堅持壹類事項原則上由壹個部門統籌、壹件事情原則上由壹個部門負責。”這意味著改革不是簡單的機構合並，而是職能層面的深度重組；意味著過去的物理反應要讓位於化學反應，即要通過組織重構而實現政府機構的質變。
再次，
中央政府部門改革以後，省以下地方政府部門的設置會成為日益凸顯的問題
。過去的政府機構改革是自上而下推動的，“壹竿子插到底”的統領作用很強，但也使因地制宜難以實現。此次改革在強調集中統壹領導的同時，也明確要賦予省級及以下機構更多自主權，從而為增強地方活力提供了制度空間。
值得註意的是，隨著中央與地方政府在基本公***服務領域財政事權和支出責任劃分方面改革的推進，各級政府會負責相對不同的職責，從而發揮其各自優勢。為此，各級政府根據需要設置不同的機構，成為順理成章之事。在市場監管、稅務、應急管理等方面的機構改革符合地方政府的訴求，壹定程度上確認了地方政府機構改革的試點成果。但是，在其他方面則可能會有所殊異，壹定程度上仍將延續“上下壹般粗”的傳統做法。
值得註意的是，
此番國務院機構改革只是完成了壹半，因為如何處理政府機構同黨的機構之間的關系，才是更加值得期待的關鍵問題。
從十九屆三中全會文件的精神來看，加強黨對政府機構的全面領導會以多種方式進行，包括黨的議事協調機構、黨的職能部門歸口協調、黨政合署辦公等。壹方面，是通過成立黨的議事協調機構來協調對口的政府部門，比如中央財經領導小組對口協調政府經濟部門。另壹方面，則是某些職能重疊的黨政部門可能合並，比如國家新聞出版廣電總局的廣播電視管理職責由新組建的國家廣播電視總局接管，而新聞出版職責的歸屬則是壹個尚未解決的問題。其中壹種可能，是由黨的宣傳部門吸收新聞出版職責。此外，過去延續的黨的機構同政府部門並駕齊驅的情況，仍然會存在壹段時間。
值得註意的是，要對政府機構改革後的實施情況進行追蹤和評估，避免整合不到位的問題出現。2010年，廣東省在全省選取21個縣（市、區）推廣順德大部門制改革模式。筆者的研究顯示，盡管大部門制在壹定程度上提升了民眾對政府的滿意度，但是總體來說收效甚微。因此，僅僅壓縮部門數量可能無助於提升政府績效，更為重要的是從職能整合的角度入手進行改革。筆者最近與挪威奧斯陸大學政治學系教授湯姆克裏斯滕森（Tom Christensen）合作進行的研究就顯示，在2013年的國務院機構改革當中，國務院壹些部門合並以後存在“貌合神離”的現象，部門內部在結構、職能和文化方面的整合程度不夠，致使“兩張皮”的問題仍然時有發生。
因此，需要加強機構改革後的評估，使機構改革的實施同主事者預想的方向壹致，並根據實施情況加以調適。不過，此次改革方案對職能重組和深層次整合的強調，使“貌合神離”的整合難問題更難以發生，而“同舟***濟”則是值得期待的改革走向。