1、定位不同（公眾號服務於營銷與信息傳遞，小程序面向產品與服務）
公眾號主要用於信息的傳遞實現人與信息的連接，借助H5 能夠實現簡單的交互，主要以營銷和信息傳遞為主簡單的服務為輔，而小程序從功能上與公眾號有嚴格區分（不支持關註、消息推送等營銷手段），壹方面使得產品與服務不至於淹沒在公眾號營銷信息中，另壹方支持公眾號、朋友圈、群與小程序之間的互動與導流，使得開發者專心做產品與服務，從而為微信帶來大量長尾服務疊加微信自身重度服務打造從社交到信息連接再到服務的生態圈。
2、實現技術區別（公眾號基於H5，小程序基於微信自身開發環境與開發語言）
小程序是微信內的雲端應用（所以無需安裝），不是原生App，通過WebSocket 雙向通信（保證無需刷新即時通信）、本地緩存（圖片與UI 本地緩存降低與服務器交互延時）以及微信底層技術優化實現了接近原生APP 的體驗。
公眾號是基於傳統H5 開發與運行，傳統H5 運行環境是瀏覽器，微信小程序運行環境並非完整的瀏覽器，開發過程中用到H5 相關的技術，微信小程序的運行環境是微信基於瀏覽器內核完全重構的壹個內置解析器，針對小程序專門做了優化，配合自己定義的開發語言標準（基於H5 進行了優化），提升了小程序的性能。系統權限方面，微信小程序能夠通過微信APP 獲得更多的系統權限，比如網絡通信狀態、數據緩存能力等，在此微信APP 相當於架在原有系統中的新的操作系統，小程序借助微信與系統間接交互，使得能夠擁有原生APP 的體驗。而這壹點恰巧是HTML5 web 應用的不足，導致其主要用於業務邏輯與交互簡單的應用中。
3、功能不同（公眾號功能圍繞信息展示與營銷，小程序面向產品與服務）
微信與公眾號在開發語言、設計規範、營銷方式、審核機制等功能方面均有較大不同。公眾號是壹種賬號類型，為用戶提供信息與咨詢發布平臺，提供了壹種新的信息傳播方式，構建與讀者之間更好的溝通與管理模式，結合H5以後公眾號也能夠提供壹些簡單交互功能。小程序主要旨在提供服務，相比公眾號運行更流暢，能夠提供更加復雜的產品與服務。公眾號功能主要圍繞信息傳遞與營銷展開，小程序對營銷功能進行了嚴格控制以與公眾號區別，使得小程序的服務在使用體驗與便捷性能夠得到提升，不至於淹沒在公眾號過度營銷信息中。
4、體驗上的差別（公眾號操作延時較大，小程序體驗接近原生App）
公眾號中點擊應用功能後頂部出現綠色進度需要等壹段時間，對於業務邏輯復雜交互要求高的應用使用起來體驗較差。而小程序將會非常流暢幾乎無需等待，類似普通APP 操作壹樣流暢。主要原因是公眾號沒有本地緩存，所以每次打開都是會請求服務器刷新頁面，造成延時較長體驗下降，小程序對UI 與圖片本地緩存，只需要對服務器請求交互數據，頁面切換無需刷新，所以體驗能夠接近原生APP 的流暢程度。
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