忍者用的忍器分為登器、水器、開器、火器、暗器五大類。
登器是忍者攀爬時的器械，包括：結梯、雲梯、高梯、疊梯、打鉤、長蓑飛行、忍杖、龍登、蜘梯、探鐵、苦無、鉤梯、卷梯、雲梯十五種。
水器包括：浮橋、沈橋、蒲筏、葛籠筏、水蜘、水搔、鵜、軍船等。
開器是開啟箱櫃和溜門撬鎖時用的作案工具，包括：問外、刀曲、延鑰、入子鑰、鑷、錐、鐮、鎖子拔、板撬、鋸、釘拔、聽鐵等。
火器部分由火器及其使用方法組成，其中包括：水火繩配方、水鐵炮配方、火箱、不滅明松、打明松法、籠火法、水中火二法、風水火炬五法、火口法、熊火法、熟眠法、楊枝火配方、萬年火的使用、義經明松、入子火、生滅明松、燒藥法、車火炬法、明眼散方、輕足散方、寒陣火法、水篝法、卷火法、狼炯配方、忽忘散方、暗藥方等。
最常見的忍器要算“手裏劍”、“忍者刀”、“手甲”和“煙幕彈”了，這幾樣都是忍者的基本裝備，平時出去“作案”，這些東西可壹個都不能少。
手裏劍包括三種，除了飛鏢狀手裏劍，還有箸手裏劍和鐮手裏劍。箸手裏劍象筷子，鐮手裏劍則像沒把的鐮刀，而普通手裏劍按形狀的不同又有棒狀、平板型等之分。
忍者刀又叫“忍刀”，刀長多為60厘米以下的短刀，刀身又寬又重，以直刀系為主(不同於武士用刀)，在執行任務時忍者刀還常作為攀爬的輔助工具。另外，其鞘可用做水蜘蛛術時的呼吸工具和竊聽工具。
壹 劍（刀）是日本武士榮譽的象征。武士壹般佩帶兩把劍（刀），長的叫太刀，短的叫斜差，都是用高碳鋼千錘百煉而成，刀刃薄的可做繞指柔，但又堅硬的可穿甲盾，說它削鐵如泥是毫不誇張的。據說二次大戰後，美國軍隊曾用來復槍的槍管招架短劍，結果來復槍的槍管竟被短劍削去。
忍者所用的刀比短劍還要短些，僅24英寸，質量也遠比武士的刀差，刀刃也鈍的多。因此忍者的刀不是用來砍削的，而是以刺為主。如果忍者與武士都用自己的刀對抗，忍者顯然處於不利的地位。忍者若要取勝，不得不采取其他手段。
忍者短刀的刀鋒較鈍，鈍到用手緊握上去也不會出血。忍者的刀與其說是壹種武器還不如說是壹種多功能的工具。如將短刀往地上壹插，刀的護圈便可當作顛腳之物；如果把刀的護圈往高處壹掛，雙手可安全的握住刀身攀緣上升。甚至忍者的刀鞘也有多種用途。通常刀鞘比刀身略長，這長出來的壹段可以用來藏毒或藏暗器等。刀鞘的尖端還可以卸下來，於是刀鞘變成了壹只空心的扁管子，在忍者藏身水下時用做通氣管。在暗處或暗室中，刀鞘又變成忍者的“探測器”。
二 棒（Bo）是人類最原始的革命性武器。說它有革命性是因為它的性能遠比石塊或經粗糙加工的石鏢、石槍優越。石塊壹經拋擲出去，手中便失去了武器。而棍棒取材方便{隨便撅壹根樹枝即可}，利於近戰，又可投擲。忍者有鑒於此，將棍棒視為第壹武器，並發展了壹系列使用棍棒武器的方法和技巧，名之為“棒術”。
忍者使用的棒壹般直徑為2英寸，長度約5英尺：用硬木制成的棒是實心棒。實心棒有強大的威力，壹旦被實心棒擊中難免筋斷骨折，如擊中要害部位，危險性就更大了。空心棒份量較輕，看起來危險性小壹些，然而空心棒更有其險惡之處。壹般對手萬萬想不到，忍者的手腕輕輕壹抖，藏在空心棒的空心中的鐵彈、飛刀、短箭之類的暗器就會直取敵手的咽喉或前心。空心棒中還能藏5-6英尺的鐵鏈，以棒中撒出來的鐵鏈能出其不意地將敵手縛住。
與棒相匹配的武器為杖（Jo），長度約2英尺（70厘米左右）；它是壹種出色的防禦武器，可以劈、砍、刺或投擲，用來對付手持匕首或短刀的敵手。
三 “手裏劍”（shuriken），即鐵蒺藜，類似我國武林中的飛鏢，10碼（約9米左右）之內可百發百中。古代忍者的“手裏劍”上壹般染有毒汁。壹般有八方手裏劍、六角手裏劍、十字手裏劍、三角手裏劍以及“卍”字型手裏劍，這些手裏劍擲出去後，在空中會圍繞其幾何中心旋轉，因此軌跡穩定，在近距離能夠保證壹定的精度。多角型手裏劍主要依*銳利的角殺傷敵人，殺傷力有限，所以忍者會在每個角上都塗上劇毒（在“獸兵衛忍風帖”中那個假扮僧侶的幕府密探就使用了餵毒的手裏劍），是很危險的武器。忍者使用手裏劍壹般在兩種場合，壹是暗殺，二是被多人圍困急於脫身。使用時通常壹次性可擲出四五枚，以增加命中率。這些手裏劍重量在40克至60克間，壹般忍者也不會攜帶幾十枚，畢竟身輕如燕是他們的優勢嘛。
古代女性忍者較少使用“手裏劍”，而代之以染毒的發簪致敵於死命。
另外還有壹些奇形怪狀的武器，大多脫胎於農具，如短月牙鐮、撓鉤、短刀等，壹般這些鐮、鉤都系在壹根馬鬃或人發編成的繩子上；同“手裏劍”的作用相仿，只不過帶繩子的鉤、鐮、刀發出去後還可以回收。
四 弓箭。忍者使用的弓分為大弓和小弓兩種。大弓用於遠射，小弓用於近射。除射箭外，還能射火箭、響箭、開花箭（壹種能爆裂作響的箭）等用來騷擾敵人。現代忍者有了手槍，弓箭就顯得累贅不便。只有壹種吹弩沿用至今。吹弩的吹管裏藏有鋼針，用力壹吹，鋼針便發射出去，但發射距離僅兩三米。
五 鏈棍，略同於我國的流星錘，壹般長度為1米左右，也是壹種防禦武器。它的重量、粗細不等，最小、最輕的壹種可藏於袖內，當作暗器用。
其實忍者常用的武器遠不止上述的5種，壹個竹筷子、壹個空心的竹筒、壹條繩子，幾乎隨手拈來，皆可化作武器