中醫學理論體系形成的標誌是《黃帝內經》的問世。《黃帝內經》吸收了秦漢以前的天文、歷法、氣象、數學、生物、地理等多種學科的重要成果，在氣壹元論、陰陽五行學說指導下，總結了春秋戰國以前的醫療成就和治療經驗，確定了中醫學的理論原則，醫學|教育網搜集整理系統地闡述了生理、病理、經絡、解剖、診斷、治療、預防等問題，建立了獨特的理論體系，成為中醫學發展的基礎和理論源泉。
《黃帝內經》的成書，實際上標誌著中醫學基本理論的確立，它與張仲景的《傷寒雜病論》分別是中醫學基本理論和辨證論治的奠基之作。二者與《神農本草經》《難經》壹起，被歷代醫家奉為經典，由此而確立了中醫學獨特的理論體系，給後世醫學的發展以深遠的影響。