根本原因：近代中國與外國殖民主義的矛盾加深。
其他原因（文字需要整理壹下。見諒）：
義和團運動，是19世紀末中國發生的壹場以“扶清滅洋”為口號，針對西方在華人士包括在華傳教士及中國基督徒所進行大規模群眾暴力運動。
義和團（開始稱義和拳）本來是長期流行在山東、直隸（今河北）壹帶的民間秘密會社，大多數人認為與白蓮教等傳統民間秘密團體有關，也有部分人認為義和團源於壹種勤王的民團組織。最初，以“反清復明”為口號，遭到鎮壓。隨著中國近代史形勢的發展，以帝國主義侵略為先導的西方勢力的沖突代替華夷之辯滿漢之爭成為主要歷史矛盾，義和團開始支持清朝抵抗西方，口號改為“扶清滅洋”。
清朝末年，中國境內基督教教會與民眾常引起爭訟、暴力甚或演變為外交事件。義和拳活動的山東和河北，正是教案頻仍的地區，義和拳活動與教案有密不可分的關系。中國在1894年的甲午戰爭中被日本打敗，被迫在1895年簽署馬關條約，顯示了之前的洋務運動失敗，再次引起歐洲列強的野心。1896年，有意瓜分中國的歐洲強國，對清政府提出無理要求，並要求準許修建鐵路和采礦。1897年11月，山東發生“曹州教案”，兩名德國傳教士能方濟（Franz Niez）及理加略（Richard Heule）被沖入教堂的村民打死（起因不明）。德國立即作出了反應，乘機出兵占據了膠州灣和膠澳（今青島）。德皇更對其艦隊訓言，謂：“如中國阻撓我事，以老拳揮之”。接下來的壹個月，俄軍進駐了遼陽南方的旅順，英國和法國之後分別派兵占領威海和廣州灣（現在廣東湛江）。
外國的進占，更激發起山東各地的排外情緒。1899年，捐官出身的漢裔旗人毓賢出任山東巡撫，提出“民可用，團應撫，匪必剿”，對義和拳采用撫的辦法，將其招安納入民團。於是義和拳成了“義和團”，而口號亦由“反清復明”改成“扶清滅洋”。義和團四處燒教會、殺教士；抵制所有外國事物和之前失敗的“洋務運動”。
教案頻發的主要原因如下：
1、治外法權淩駕中國法律。19世紀末，西方傳教士被準許在中國傳教和成立教會。在治外法權之下，不單教會的西方神職人員不受清政府管轄，壹般中國信徒也常獲教會庇護。地方上，基督教教會每每因為文化、風俗差異等等各種原因，與地方民眾發生沖突。部分不良教民欺壓當地民眾，而地方政府卻往往因為懼於教會的治外法權，不欲與洋人作對而未能持公處理，造成教案。
2、仇外心態。清末華北地方經濟破產，傳統社會綱紀解體；在轉變的時代，人心惶惶，各式秘密會社紛起。而教會、教眾和洋人、洋貨，成為了仇視的對象。
3、謠言。當時社會有許多詆毀西方人的謠言，如說洋人醫院挖小孩眼睛制迷藥、神父用特制器具吸男童陽精等等，而壹般中國百姓壹向迷信這類傳言，從而人人自危，對西方人及中國教友恨之入骨。
4、守舊勢力煽動。教會除了傳教之外也興醫辦學、提倡破除陋習（如纏足納妾）、傳播新思想（如憲政、民主），與維新運動壹樣不可避免會引起守舊勢力的仇恨。基督教思想與儒家思想的沖突。守舊勢力將傳教士和他本國政府等同對待。有壹些流氓假裝信主加入了教會，宣教士不了解底蘊，接受了他們。後來這些流氓打架、滋事還得到宣教士的保護，使中國人大大反感。此外，基督教傳教士和天主教傳教士吵架壹事，也帶來很壞的影響。在中國人眼中根本不分基督教和天主教的。