經學與理學之爭：明代初期，經學與理學之爭成為主要的思想爭議。經學註重對傳統經典文獻的研究和解釋，而理學強調以周易、大學、中庸等經典為基礎，倡導推究理性和道德修養。到了清代，理學逐漸占據主導地位，成為官方的國學教育體系。
反傳統思潮的興起：明清時期出現了壹些反傳統思潮，例如王陽明的心學。心學主張通過內省心性，實現人心與天理的合壹，摒棄了對經典文字的過度追求，強調理性與直覺的統壹。
文人思潮與士人社會角色的變化：明清時期的士人群體在社會地位和文化身份上發生了明顯的變化。士人開始更多地參與政治和社會事務，他們的思想和關註重點也隨之改變。壹些士人提出新的思想觀念，反思社會問題，並試圖提供新的解決方案，從而帶動了思想變革。
對外文化交流的影響：明清時期中國與西方的接觸不斷增加，這對儒家思想產生了壹定的沖擊和啟發。西方文化的影響使得部分士人開始思考傳統觀念的局限性，並嘗試吸收外來思想和理念，對儒家思想進行了壹些修正和補充。
總體而言，明清時期的儒家思想經歷了對傳統的反思和批判，也受到了外來思潮和文化交流的影響，儒家思想出現了壹些新的發展和變化，為中國思想的發展奠定了基礎。