000 萬噸動物糞便，其中只有 1% 是有機農場用去的。由於有機農場有生產標準，規範使用的動物糞便必需堆漚至熟腐，但壹般農場卻沒有，故此更容易出問題。而事實上，根據美國官方的疾病預防及控制中心的資料顯示，並沒有任何 O157:H7 的發生個案與有機食物有關。 關於農藥殘余的問題，根據美國不同官方機構及民間團體的測試，都表示壹般蔬菜上含有農藥殘余，例如 53% 的生菜上找到 16 種農藥， 90% 的西芹上找到 12 種，等等，故此很難會測不出有機與壹般菜在農藥上的分別的。另外，亦有越來越多的資料顯示農藥對人體的影響，特別是對農夫，例如對神經系統的影響及可能與乳癌有關等。 關於有機產品的營養價值問題，可能應該有更多的實驗去作更深入的研究。但就最近的壹些研究顯示，有機食物的確含更多營養。如哥本哈根大學的研究發現無用人工肥料種植的食物含較多可以抗癌的輔助代謝物（ secondary metabolites ）。另外，紐約的 Rutgers University 又發現有機產品內所含的重要微量元素，較壹般產品高出數倍。 另外，在飼養牲口時濫用抗生素，亦已被不少國家的醫護人員所咎病，是對人類健康的壹個重要威脅。 至於產量問題，同樣需要更多的研究去確實有機與壹般農業系統，在長期產量上的分別。但就英國 Essex University 的研究顯示，有機耕種可以在產量上與壹般耕種方法看齊而不影響環境。另美國的 Rodale Institute 的 15 年長的研究發現，有機農業系統的產量在四年後便與壹般的相若，在遇上幹旱天氣時，有機更勝壹籌。而且農藥亦非收成的保證， Cornell University 的教授發現，由 1945 至 1989 年，美國使用的農藥量增加了 10 倍，但由昆蟲所引致的作物損失卻由 7% 增至 13% 。 另外，不少專家都已提出，人類目前並非糧食不足，而是糧食分配不均。要解決糧食問題，不是從增產上著手，而是由脫貧、社會改革等開始。同時，不少發展中國家的援助機構，都相信有機耕種系統更適合他們，因為可以盡量利用當地的資源，而不需要用美元去買昂貴的化學農藥及肥料。 至於有機農業對生態環境的好處，就連英國的農業部長亦承認，有機耕種比壹般耕種系統在維護生物多樣性方面，對環境更有益。
有機耕種強調天然，排斥人工肥料和農藥，其缺點如下﹕ （壹）成本高 由於不使用化學肥料、農藥和防腐劑，而且產量少， 有機作物的成本比傳統農作物高，因此產品價格比較高昂（約高出三倍）。 不用防腐劑的情況亦帶來儲存期短的缺點。 （二）儲存期短 如第壹點所述，原因是不使用防腐劑。 （三）栽種困難 由於不使用有效而便宜的化學農藥和肥料（天然肥料的養分難以控制）， 加上依賴人手，使得有機耕種比傳統耕種困難。 亦因此，同時帶來高成本、產量少、有機作物的品質參差不壹的問題。 （四）產量少 如第三點所述，有機耕種依賴人手， 而且它們的肥料和除去蟲害的方法（如天敵）難以大量生產。 所以產量少，在現今糧食供應緊張的世界是不適合的。 （五）外觀差 因易受蟲咬，有機作物的外觀較差。 （六）過量病菌和毒素 有機肥料多為廚渣、糞便或其他植物，如帶過量病菌可引致疾病。 曾有相關新聞指有機作物含菌量過多。 比起傳統耕種的過量化學農藥影響更大。 另外有些微生物（如真菌）會在植物上制造毒素， 如果不制止這些微生物的生長，毒素會為人類健康帶來威脅。 （七）疾病和蟲害 不是所有植物疾病和蟲害都能用自然的方法消除或輕易消除。 首先，未必找得到有效的天然藥物和天敵。 即使找到，亦未必能夠大量生產。 而引入自然的天敵（用其他生物將害蟲殺死、吃掉），亦可能對環境造成其他影響。 這些問題可引致有機農作物容易死亡，導致失收。 （八）難以改進 根據多項研究，有機食物的營養價值和傳統食物壹樣。 自然農藥過多同樣對人類健康構成威脅。 所以有機耕種對於環境健康的作用其實大於對人類健康。 而最重要的是，這些問題很難被解決－－難以發展和改進。 在基因改造的年代，基因作物不但大大提高農作物的產量， 更提高了作物的營養價值，增加醫學價值，以至消除作物的不良部分／害處。 這些東西對廿壹世紀的人類來說很重要。 起碼產量已經是壹大問題…… 可惜有機耕種連傳統耕種都比不上，又怎及得上基因食物的神奇？ 而且基因食物大致上都是安全的。 無法與時並進，迎合社會需要是有機耕種的最大缺點；可以說有機耕種只是奢侈品。 （九）汙染 未經處理的天然肥料，可帶有大量細菌或過分養料。 不適當的肥料來源、過量使用或處理不當，這些東西可傳播到環境如水源。 總括來說，有機耕種主要是保護自然環境。 對人來說，有機食物的健康價值並不明顯。 想到再補充
參考: 自己
有機耕種可能會影響健康