1.西醫藥治療
手術治療：分有肛瘺切開或切除術、肛瘺掛線術、乙狀結腸造口術、激光手術等。肛瘺急性感染期不宜施實手術。克隆病、潰瘍性結腸炎合並肛瘺，須先治原發病。
術後治療：每日用雙氧水和生理鹽水清洗，創腔用油紗條填充。結核性肛瘺用鏈黴素或雷米封溶液換藥。掛線術應註意橡皮筋的松緊度，需隨時調整勒緊。
抗生素治療：急性感染期、術後，均需投以足量抗生素，如四環素、慶大黴素等。
2.中醫藥治療(多配合手術治療)
內治法
下焦濕熱：肛門局部紅腫熱痛，大便秘結，裏急後重，小便短赤，潰膿稠厚，伴有發熱，周身困重，舌紅苔黃膩，脈弦滑數。
治法：清利濕熱，通便消腫。
方藥：黃柏15克、蒼術10克、牛膝10克、滑石15克、木通10克、大黃10克、山梔10克、萆?10克、蒲公英30克、蚤休30克、丹皮15克。
濕毒蘊結：肛門局部紅腫熱痛，排便疼痛加重，有發熱感，潰膿濁稠味臭，大便幹結，小便短赤，伴有發熱畏寒，口幹苦，乏力，舌紅苔黃厚而幹，脈弦數。
治法：清熱解毒，利濕消腫。
方藥：柴胡15克、龍膽草15克、生大黃10克、蘆薈15克、黃連10克、黃芩10克、黃柏15克、山梔10克、金銀花30克、蒲公英30克、木通10克、車前子(包)15克、地丁30克。
陰虛火旺：肛門局部潰瘍經久不愈，紅腫熱痛不明顯，潰膿稀薄，時有時無。伴見周身乏力倦怠，時低熱，口幹少飲，舌偏紅苔黃偏幹，脈細微數。
治法：滋陰清熱除濕。
方藥：青蒿15克、生地10克、地骨皮10克、鱉甲(先煎)30克、蒼白術各10克、黃柏10克、牛膝10克、胡黃連15克、山藥15克、澤蘭瀉各15克、丹皮15克、甘草5克、夏枯草15克。
如氣血虛者，可服中成藥人參養榮丸、十全大補丸、人參歸脾丸等。
外治法
1.外薰洗法：炎癥期：生大黃20克、苦參30克、蛇床子20克、百部60克，煎水薰洗。
2.外敷藥：薰洗後，先用藥撚或藥丁插至瘺管口再後退少許，外敷黃連膏、如意金黃膏、紅升丹等，外蓋滅菌敷料固定。隔日換藥1次。