我認為主要存在三個問題：
1.家居更新和改造缺乏統壹管理
由於民居的所有權歸個人所有，難以有效規範民居改建或擴建行為。現階段多數傳統村落民居更新和改造，還屬於自由發展階段，缺乏規劃性指導。在原生態傳統村落民居更新過程中，打破了原生態格局，愈加使傳統村落民居顯現出雜亂無章的狀態。比如，民居改建或擴建隨意性很強；民居外部裝飾與環境不協調；傳統村落道路設計不合理，甚至割斷了原生態村落格局。
2.現代家居裝飾與傳統村落風貌不協調
原生態村落民居自發更新改造過程中，出現了對現代材料的盲目使用，拋棄了原生態的土建築材料和營造技藝。比如，將木質窗戶換成玻璃窗、木質欄桿換成不銹鋼材料、木質雕花窗格更換成鋁合金或其他金屬材質；新建民居上，甚至將外墻裝飾貼上不同顏色的墻磚，更新後的民居在建築和裝飾上大量使用現代材料，在色彩上與傳統民居建築形成了鮮明的對比。出現了參差不齊、新舊不均的問題，造成傳統村落建築風貌不協調的局面。
3.民居更新與旅遊開發之間存在矛盾
傳統村落作為中華文明的文化遺產，具有獨特的地域文化旅遊資源，隨著不合理的開發和建設，使傳統村落風貌發生改變。民居更新過程中，壹味追求時代感和現代感，往往忽視了文化特質的傳承，造成了建設性破壞和保護性破壞。旅遊開發過程中，人們常以發展“食、住、行、遊、購、娛”為主，而忽視了開發地域特色資源和保護傳統民居的保護。而旅遊作為壹種精神享受，遊客所追求的心理需求為“求知、求新、求樂”，希望通過旅遊獲得平時不易得到的體驗與感受，而非滿足基本的物欲和便捷。傳統村落在開發過程中，為了迎合遊客的需求，而毀掉特色旅遊資源，必然造成新的保護與發展之間的矛盾。